同治二年开春，曾国藩自安庆东下，检阅南京围军。此前，他创造了“呆兵”、“活兵”两个概念：
“以后宜多用活兵，少用呆兵。进退开合，变化不测，活兵也；屯宿一处，师老人顽，呆兵也。弟军积习已深，今欲全改为活兵，势必不能，姑且改为半活半呆，亦有更战互休之时。望弟立变大计，以金陵、金柱为呆兵，而以进剿东坝、二溧为活兵，庶有济乎”（元年十月二十日）；
“活兵”，就是游击之师，战兵；“呆兵”，就是大本营，守兵。“更战互休”，就是战兵和守兵之间的互调。这个意见，是一种妥协，既不全部撤围，也不全部“呆”围，所谓“坚守已得之地，多筹游击之师” 。到南京后，曾氏兄弟就此“呆”、“活”布置进行了一番讨论，经过去年四十六天的苦战，曾国荃未尝不知外围不肃清则难以专心攻城的尴尬，所以，原则上接受了此一意见。不过，曾国藩建议呆、活两军保持二百里以内的距离，曾国荃讨价还价，只同意六、七十里的范围。而在呆、活两军具体调遣方面，两人则时常发生争论，曾国荃“每每不以为然”，动辄“长篇辩驳”，指责曾国藩“料敌不明，调度不善” 。曾国藩作为大哥兼上司，展阅复函，哭笑不得，只好说：“弟于吾劝诫之信，每不肯虚心体验，动辄辩论，此最不可” ，“非老年兄弟所宜出此”。
此外，在军队装备、训练方面，两兄弟也时常龃龉。去年二李使用西洋枪炮，在火力控制方面大占优势，曾国荃颇思效法。他知道李鸿章的淮军大多装备“洋械”，便写信请教。李鸿章毫无保留，尽心指点：“欲剿此贼（伯牛案此指李秀成军），非改小枪队为洋枪队不可，再持此以剿他贼，亦战必胜、攻必取也。惟洋枪洋炮，好者不易得。鸿章前解二百杆天字号，在中国为上品，在外国仍不中用。元字号次之，万字号又次之。然我军所用，皆以万字号为真洋枪，其馀多系广东土造。师门（指曾国藩）如不深信洋枪火药为利器，望谆请饬下粤东厘局多为购办。效洋人步伐，操练洋枪队，平中国之贼，固有馀矣” ；