虽经曾、李或直接或委婉的批评，曾国荃的复函毕竟发出，怎样批评都避免不了来自中央的薄惩。曾国荃的摺疏被批谕：“（此后）毋庸单衔奏事”；就是说，曾国荃被剥夺了单独上奏的权力。总署诸公看到曾国藩的复信，本来心花怒放，旋又接到曾国荃的复信，必定笑转为嗔。总署老大是恭亲王，军机老大也是他，既然曾家老九这么不懂事，开口即招人厌，干脆封掉他发主贴的权限（“毋庸单衔奏事”），只许在阿兄监护下发言；此后汇报战况等事，曾国荃可以“后衔”附奏，即所有言论须经曾国藩审查后方可上报，省得再犯“兄弟意见不合”的错误，惹人烦恼。曾国荃不知道祸从口出，曾国藩则早料到祸从天降，祸虽不大，但总有一些负面影响，于是写信宽慰：
“此船乃恭邸数年苦心经营之事，近则既经怄气，又复抱歉，正在十分不自得之际，疑弟摺意含讥讽，故触其怒，而一为发舒，非皇太后另有所咎于弟也” ；
恭亲王“苦心经营”了这么件尴尬事，“怄”了谈判的“气”，对前线将士、特别是积极围攻南京的湘军“抱”有“歉”意，“正在十分不自得之际”，你不幸触其霉头，作了他的泄气筒（“一为发舒”），实在是点背不能怨政府。不过，这只是警告处分，不算严责，惟自为宽解而已。曾国荃这下倒是老实了，复函检讨得失，“心气和平，事理通达”，曾国藩赞曰：“大慰大慰” 。
福祸相倚，得失相继，曾国荃这种说话不经大脑的人被贴上封口胶后，那些复杂的人事关系、笔墨官司全部由阿兄代理，他反而能专心致志，一意部署军务，遂在同治三年元月，完成对南京的合围。而中央在“博采众论”后，痛下决心，“将轮船撤退”，并在新一轮谈判中采取强硬姿态，取得“辉煌”成果：英国军舰、兵勇全部退回，英国并归还预付船款。已经发生的薪酬、差旅等费用，则由中方支付。额外奖赏阿思本一万两银子。撤销李泰国总税务司职务 。实事求是地说，此种谈判成果，在中国近代史中，称得上是外交方面的成功案例。美中不足的是，斡旋其中、对达成协议起到关键作用的人，并不是宣言“分赏各国”的曾国藩，而是另一个英国人，二十九岁的赫德（Robert Hart）。他在中、英政府间上下其手，藉此挤走一心要为中国海军做“贡献”的李泰国，自己如愿以偿成为第二任总税务司。此后，他控制中国海关达四十八年之久，极为深刻的影响了近代中国的政治、经济和外交。
三、战天京替补队员李鸿章
如果说，战天京时当局诸人的怦然心跳汇成一部交响曲，主题必然用来展示曾氏兄弟在此过程中的真情互动，洋船事件只算一个俏皮的小插曲，而中段插入、几乎喧宾夺主的淮军助攻事件，则是一段扣人心弦的变奏。作为百年以后聆听此曲的爱乐者，不仔细考察此段变奏的进入、发展以及嘎然而逝的怪异休止，则必不能完全理解整部交响乐。