具体执行标准，则以五两银子为限，凡藏银过此数不缴者，按律治罪 。入南京后，“圣库”设在水西门灯笼巷，有六名专职人员负责日常管理。严厉执行“圣库”制度，将全体民众的财富集中管理，乃是太平天国能够实行军事共产主义的前提和保障，也是中外传言南京城内“金银如海，百货充盈”的根据。
但是，“圣库”制度，在太平天国后期——亦即咸丰六年发生内部相杀的“天京事变”后——遭到严重破坏，业已名存实亡。曾国藩转述李秀成语，说：“昔年虽有圣库之名，实系洪秀全之私藏，并非伪都之公帑。伪朝官兵向无俸饷，而王长兄、次兄且用穷刑峻法搜括各馆之银米”；就说明天京事变后，太平天国政权由洪氏嫡系掌管，“圣库”的性质已经由“公帑”变为“私藏”。而洪派以下人众，也纷纷效法，于“一切杀妖取城所得金宝绸帛物等项”中，仅向“圣库”缴纳谷米牛羊等食物，而隐瞒了银钱衣物等硬通货。李秀成在湘军围困南京时，与“合朝文武”商议，苦劝各位“王兄王弟”“切勿存留银两”，而应“概行要买米粮”；就不但证明了天国官员不再上缴而是私藏银两，也证明了“圣库”空虚，连基本的粮食储备也得不到保障，远非咸丰初期“粮米丰足，件件有馀”的盛况。同治二年苏州告急，李秀成欲离开南京前去赴援，洪系人物以“国库无存银米”为由，令他“助饷银十万”，否则不许离京。李“不得已，将合家首饰以及银两交十万”，才换得四十天的自由活动时间。亦可见“圣库”空虚、人各私财的景况 。李秀成是天国中“万古忠义”（洪秀全语）的忠王，家财尚有十万之富；其他二千多个“王兄王弟”的私人财产之多，可想而知，“圣库”财务之有出无纳的困绌情况，亦可想而知。因此，“圣库”之有，毋庸置疑，而“圣库”之绌，亦毋庸置疑 。
由此可知，湘军当日入城，未能发掘出巨大“窖藏”，是实在情形，曾国藩并非“工”于“作奏”，不过实话实说而已。当然，“圣库”之不足掠夺，只说明湘军作为接管南京的军事组织，在对公业务方面成效不彰，并不说明作为个体的湘军兵将都空手而归。曾氏兄弟进城之后，发现“克复老巢而全无货财”，失望之馀，不免生出几分恐惧。根据历史记载以及实战经验，敌国都城的金银宝藏，只是多少问题，而非有无问题；孰料南京城竟出现了有无问题，明显于理不合，与史不符。然则，实话实说，必难取信于人。旁人不信，也倒罢了，人主、朝臣不信，则问题大了，所谓傍议丛生，所谓忧谗畏讥，就是这种背黑锅的尴尬境况的真实写照。故曾氏兄弟初则失望，继则恐惧，故曾国荃要建议“勒令各营按名缴出”三日弛禁期内掳获的“贼赃”，“以抵欠饷”，多多少少凑个数儿，平息舆论。曾国藩则老谋深算，知道众将士固有愚智强弱之别，所得资财则有多寡不均之实，“按名勒缴”的话，所得甚少的“弱者”一定“刑求而不得”，而所得较多的“强者”必会“抗令而遁逃”。如此，则不但无补于实际收入，甚且“损政体而失士心”。遂不采纳“按名勒缴”的建议，而设立不问“贼身囊金”（降卒或敌尸随身携带的财物）只查缴“贼馆窖金”（公私大小库存财物）的法令。当然，此法只是一纸具文；三日弛禁期内，不论囊金、窖金，十之八九已被将士们搜刮一空，事后再怎么严格执行此条法令，也是所得甚微，聊胜于无。
找不到大笔“贼赃”，必然遭致讥议；为免讥议，总不能倒贴银钱，做赔本买卖。处此两难之境，曾国藩只有实行“挺经”之法，抱着“此心耿耿可对君父”的赤诚，据实“覼缕”，尽量争取中朝人士的谅解；走自己的路，让别人说去吧。
中枢也许和曾国藩心心相印，用人不疑；也许收到实地谍报，两造俱符；也许格于情势，无可奈何；总之，曾摺奏闻七日后，便迅速下达了一道“理解万岁”的批谕：