次年九月，寇准奉诏回朝，升任参知政事。此时，天子已到晚年，最操心的大事莫过于立储。之前已说过，两次册立皇储的失败，令太宗既伤感又烦恼，东宫便长期空置。这引起了朝臣们的忧虑，唯恐天子一旦突然谢世，势必会因嗣位之争，引发一场政治危机。于是，个别官员上奏请立皇嗣，结果引起猜忌心极重的太宗不满，将他们贬斥外地。
但天子眼见自己年事已高、身体多病，臣僚们私下里又议论纷纷，猜测未来的人君，长此以往难免人心不稳，拉帮结伙，甚至有发生意外事变的可能。看起来，是该到确定太子的时候了。太宗从来独断宸纲，立储当然由自己拿主意，但也有必要听取信赖臣子的意见，以免考虑不周。
寇准返京后，立即被宣诏入宫觐见。天子一见到他，便撩起龙袍，一边让他看自己伤重难愈的足创，一边动情地发问：爱卿为何来得如此缓慢？他连忙回答道：为臣没接到诏令是不能进入京师的。太宗接着问：朕几个儿子中哪一个可以继承皇位？寇参政当然明白此事非同小可，之前几位朝臣都因冒昧提议而遭贬，但他从来敢说真话，便直率地答道：陛下为万民选择储君，不可与妇人、宦官商量，也不可与近臣谋定。唯有陛下自己斟酌，来挑选负有天下众望者。话说到此，天子沉吟良久，屏退身边人，独自询问寇准道：襄王如何？他当即回答：知子莫若父，圣意既已明确，就应马上确定。于是，太宗皇帝随之确立了襄王的储君地位。这位襄王便是日后的真宗皇帝，而寇参政则就此立下了定策大功。
襄王元侃晋封寿王，并依照惯例出任开封府尹。一年后，也就是至道元年（995）八月，寿王再被正式宣布为皇太子。据史书称，诏书公布之日，京城百姓涌上街头，夹道围观出行的太子，一些人还喜悦地说：真是少年天子！消息传入宫中，太宗皇帝感到不快，就召见并发问寇准：民心这么快就归属太子，如此将置朕于何地？看到多疑的暮年天子猜忌到太子，寇准的大智慧派上了用场，他立即祝贺道：百姓爱戴，正是社稷之福啊！言简意赅，明着是称颂陛下英明，选对了接班人，暗里却是保护寿王。太宗转身进入后宫，告诉后妃们寇参政的话，自然也是一派祝贺声。天子这才转忧为喜，重回殿堂，当下设宴感谢本朝魏徵，君臣俩一醉方休。
二度受挫
寇准重返庙堂后，出任的虽只是副宰相之职，但因有天子的格外信任，其影响力却非同寻常。像在决定中书大政及其他重要事务上，他都有很大的发言权，因为此时唯一的宰相吕端和几位执政大臣也是在他的引荐下获得重用，故对这位天子亲信相当谦让。不过，在一往无前勇担责任的同时，寇准没有从之前遭贬的事上汲取教训，过于外露的老脾气依旧，仍不在意别人的看法，时常一意孤行。