与此同时，赵秉钧呈文袁世凯，提出欧美各国每遇疑难重案，向有延聘饱学知名之士进行调查，以资秉公判断之例，恭请我总统指派德高望重、精通法律之中外人士组成调查委员会，调查该案，并据实报闻。袁世凯随即示谕国务院：查伍廷芳及莫理循博士二人，皆谙习中外律例，着即委任二人对宋案详尽调查具报。[134]赵的这一举动表明，他之所以百般设法，拒绝赴沪对质，一个主要原因是他对于上海地方检察厅严重缺乏信任。莫理循认为：国务总理赵秉钧先生要求由公正法庭调查案情这件事，本身就最好地证明了他是无辜的。[135]但他拒绝担任调查委员，认为如果有个外国人参加了委员会，也增加不了国家的尊严难道偌大中国，竟找不到一个公正无私的人？这个建议本身就是荒谬的。外国人定会讥笑中国让一个外国人参加调查国务总理行为的委员会。[136]为了国家的尊严和中国人民的荣誉，在目前这种时刻进行这种调查是不明智的。[137]莫理循的看法得到了伍廷芳和总统府的认可，于是，组织调查委员会之事就此中止。
7月初，京师地方检察厅复函上海地方检察厅，通报赵、程健康状况，略谓：本厅特派司法警察巡官亲赴被传人赵秉钧、程经世住所密查，兹据复称，赵秉钧、程经世均系实在患病，并呈出近月以来赵秉钧赴医院诊断书一件，药方十一纸，及程经世诊断书一件，药方十四纸。除将诊断书及药方暂行存案外，为此函复查照。[138]不几日，二次革命爆发，于是，赵、程赴沪候质事不了了之。
从赵秉钧拒绝上海检察厅票传的过程可以进一步看出他为自己辩护的情形，但拒绝出庭的态度却与他一开始便坚决要求辞职赴沪与凶手对质的态度大相径庭。《民权报》曾就其态度变化批评道：
综观宋案发现以来，赵秉钧之状态屡变。证据未宣布，则有解职备质之请，而袁世凯慰留之，盖以逆证未昭，而矫情自饰也。证据既宣布，则以一纸通电，强自辩论，盖以逆证既昭，罪名显著，而狡展不认也。及至传票北来，行将以狱吏之威，加诸总理，而法律上嫌疑犯之应讯问，又无可以解免，乃只得悍然不顾，以延不到案者与法庭死抗，与法律死抗。盖彼既敢于谋杀人，又何不敢于不到案。赵秉钧真目无法纪矣。[139]
然而，这不过是表象而已。赵在宋案证据宣布前屡屡要求辞职，均为袁所慰留，是因为袁世凯担心，赵若辞职，恐将到申受审，故决意不准，乃至有人以为，大约宋案一日不了，则袁世凯将一日不准赵辞职。[140]后来事实也证明了这一点。赵秉钧自辩勘电，虽以其个人名义发出，实则稿出总统府秘书之手，或者说由总统府秘书做主。[141]袁世凯是不可能任由赵秉钧自辩，而不顾及自己处境的。勘电底稿的发现也证实，其中一些关键地方并非真实反映赵秉钧之本意。对于赵出庭一事，袁世凯更是想方设法助其抵制。4月28日，于右任代表孙中山、黄兴谒见袁世凯，提出宋教仁被刺案须赵总理秉钧到案对质，袁世凯断然拒绝，称：宋案未经证实主谋为谁以前，不能悬断与赵有无关系，此时更不能由私衷揣定。予为国家大局计，自应保全总理人格，断无即令其到案之理由。[142]上海检察厅发出传票后，袁更设法助其应对，前述过程对此已有反映。尤其值得注意的是，赵5月11日所发拒绝赴沪出庭对质通电，就是由袁世凯亲笔改定的，现存北京大学历史学系的该电底稿清楚地证实了这一点。从中可以看出，为了不使赵秉钧出庭，袁世凯一方面不惜将黄兴牵入局中，另一方面尽量不使自己受到牵连。比如，原电底稿有句云：查政府云者，乃大总统、国务总理及各国务员合同构成之有机体之谓也。此种有机体之政府，止负政治上之责任，不负刑事上之责任。若大总统则除《临时约法》第四十一条所规定之刑事责任外，其他刑事上及政治上均不负责任。袁世凯亲笔将乃字后大总统三字删去，又将若大总统则一句全行删去。[143]根据《临时约法》第30条规定：临时大总统代表临时政府，总揽政务，公布法律。第43条规定：国务总理及各部总长，均称为国务员。第44条规定：国务员辅佐临时大总统，负其责任。[144]因此，政府毫无疑问是由大总统、国务总理和各国务员构成的。岑春煊等人通电中有宋案证据词连政府之语，袁世凯偏偏对电文做如此修改，可知袁并不想让自己与宋案有任何牵连，为此甚至可以随意删改乃至无视《临时约法》之规定。赵秉钧对政府二字的理解并没有错，袁世凯的修改不可能不让赵秉钧产生某些想法。由袁世凯的这一修改，也可以看出袁、赵二人关系中袁世凯之强势。