由于洪述祖是赵秉钧的秘书，因此宋教仁被刺后，很多人立刻就将赵视为刺宋幕后主使，然而，这种建立在一般人际关系基础上的推断实在太过简单，也很危险。当宋案证据尚未公布之时，在一片怀疑声中，《时事新报》便发表社论，提醒人们应当注重证据，不可漫加怀疑。其言道：
今宋案之内容既未披露，则吾人所当望于宋案者，第一即在案中之证据。证据所在，国法随之。古时为亲者讳、为尊者讳之例，决不适用于今日夫洪之所以受嫌疑，则因搜查证据之时，发现应与洪之关系，以证据而被嫌疑，天下所以痛心疾首于洪也。虽然，嫌疑之地，有其界说存焉。若漫无界说，逞一人之私意，一己之私愤，道路之人，皆无不可在嫌疑之列也。以人的关系，而推及于同乡，以官的关系，而推及于同僚，则桑梓之谊不能存，寅寮之间有大戒，恐古之专制时代，瓜蔓抄之牵累，不如是其甚也。[153]
冯国璋则在证据公布后发表通电，明确表示不能以洪述祖之故，疑及赵总理，电曰：
宋前总长之被刺，证据已经宣布，所可推测者，洪、应为案中最要之人，其他无可臆断。平情而论，责赵总理之任用非人可也，以洪、应之罪加之于赵，则必不可。按之事实，既无指赵与闻之证实，考之法理，除法庭裁判外，亦无何人可任意加人以罪名。[154]
赵秉钧之所以被很多人视为刺宋幕后主使，其中一个重要原因是，他于1913年1月14日函送应夔丞的密码电本，后来成了洪述祖和应夔丞策划杀宋的通信工具，而洪述祖又是赵秉钧的秘书，被国民党人视为赵之私人。然而，如果严格依据史料分析，洪述祖产生杀宋之意在3月6日其致应夔丞函中，而应密电本至迟在2月22日赵秉钧就已经交给了洪述祖，因此，赵秉钧对洪、应二人后来利用应密电本策划杀宋之事是否知情，就需要审慎分析。
赵秉钧手中后来不再掌握应密电本，这一点无可怀疑。先是1913年2月22日，洪述祖有一函致应夔丞，其中写道：