碧蹄馆之战历时一天一夜，明军战死1800余人，伤近千人，其中李府家兵战死264人，伤49人，朝鲜军战死320人，日军死伤在3000人以上。
据日本《立花家传》记载，碧蹄一战，日军前锋立花宗茂麾下有六员大将战死，分别是小野和泉之弟小野成幸、号称“生摩利支天”的十时连久、以刚勇著称的池边永晟、谋将安东幸贞、骁将小川成重和安东常久；黑田二十四将之一的久野重胜也在此役阵亡。
另据《明史》、《万历三大征考》、《征东实记》等史书记载，李如松率轻骑解救出查大受军后，鼓勇急进，又从碧蹄馆向王京方向逼进了30里，和数万日军相持了3天，最后方从容撤退，这是判断碧蹄之战双方胜负的关键性史实。
1月28日晚，明将李芳春、孙守廉率5000铁骑及战车营主力部队从坡州赶到马山馆，与李如松军汇合，再次进逼王京。时天降暴雨连绵数日不止，道路泥泞，稻畦水深，战马不得驰行，六七万日军龟缩王京城内，任凭明军在城外叫阵，死守不出，并在城头上修筑了无数石砌箭楼，内置火枪，另外备有大量的滚木擂石，居高临下防备明军攻城。
到了30日，雨势更急，王京城下的积水居然能没过马腹，联军缺少防雨器材，苦不堪言，只得退到高处结阵。这一日李如松在营中纳闷，招唤众将前来问计，有说攻城的，也有说相持的。
听完众人议论，李如松向朝鲜防御史高彦伯询问道：“高将军，依你看，这雨势什么时候能够止歇？”
高彦伯道：“禀提督大人，本国初春向来多雨雪，并且山川众多，暴雨一来泥沙俱下，道路阻绝，看现今的形势，恐怕十几日内天气也不能好转。”
听他这般说，李如松眉头紧皱，杨元见状道：“大帅，倭军躲在城内养精蓄锐，我军在城外露天苦雨，当今之计，或是急战或是退兵，若是长期相持，恐怕粮草转运不济，而且有损士气啊！”李如松点了点头，又看向查大受等人。查大受和祖承训此番冒进，不但害得大将李有异身亡，更险些让主帅身陷险境，此时哪敢开口，见李如松望向自己，均低头无语。
李如梅这时插言：“下这么大的雨，道路都毁了，我军重炮又运不上来，倭贼倚坚城固守，急切难下，我觉得不如暂且退兵为好。”李芳春，李宁等人也表示赞成。
见众将再无二话，李如松站起身来道：“行军打仗，要看天时地利人和，现在天时地利均不在我军一边，从碧蹄一战可以猜测出，城内倭贼至少有5万人，我军总兵力不过两三万人，若要急战，怕也不能成功。大家刚才说得极是，将者，当勇则勇，当谋则谋，若是一味逞强，往往会事与愿违，就这么办吧，今晚退兵。”又对查大受说道：“查将军，你能在倭贼重兵包围之下保全了部队，也算善战，就由你负责领兵断后好了。”查大受红着脸喏喏领命。