听他这么一说，宋应昌心中暗惊，明朝后期党争不断，大臣之前互相攻击是最平常不过的了，如果因为这事让皇帝心里有了猜忌，将来万一有个好歹，怕是真的没处说话了。再者说联军主力不过三五万人，对阵逾10万倭军，也不能说有必胜的把握，若战事持久不决，到时反而受人与柄。想到这里，宋应昌犹豫道：“那么，依庆元兄的意思，该如何应对呢？”
侯庆元笑道：“这还不好办？议和是朝廷的主意，既然说要议和，大人就上道折子说议和亦可，不就结了吗？至于最后是战是和，自有朝廷公议，和大人无关。”
“说的也是，那我就去和李提督说明其中利害，一边整顿军马，一边争取用议和的方式早日结束战事。”宋应昌点头道。袁坤仪和侯庆元听了相视一笑，心中颇为欢畅。
3月10日，宋应昌递奏折至兵部，言“王京敌众城坚，道路艰难，我军急切不可下，闻倭人欲求和封贡而去，不若派得力使者与之斡旋，因势导以复王京，得寸之朝鲜之寸也”。
3月18日，神宗皇帝闻奏并听取了朝议后，复旨道：“计兵势即微，而事机复左，孰若假此退贼，可不复血刃，免我天朝将士劳苦，倭如恭顺，赦不穷追。”钦准了和谈的要求。并按石星的意思，派‘熟知倭事’的游击将军沈惟敬办理前期议和事务。
3月25日，沈惟敬回到平壤，宋应昌命其与游击将军周弘谟同去王京和日军交涉议和，并嘱咐道：“此间和议，汝既专主。我不当欺朝鲜，亦不敢诬朝廷，你须率策士5人领倭众归日本，受关白降书以来。我得此然后转奏请旨，封关白为王，使之进贡。”
沈惟敬这一去免不得又大肆表功，受了小西行长并宇喜多秀家金银若干，最后双方达成意向：四月初八之前，日军献王京，返王子，如约，则明军罢战，任其东归。大明天子封平秀吉为王，秀吉以下诸将均有诰封，两国贸易待退兵后协商。
明廷的君臣对于中日交往的历史非常清楚，一切都有档案可查，知道封某某的日本王，是个空名义，不起任何作用，充其量是睦邻的手段而已；不过明廷对日本现在的情况很陌生，只知道日本的最高领袖是太阁丰臣秀吉，而太阁是何官职，有什么出典没有人能说得清楚。在宫廷档案中记载日本以前似乎另外有王，现时是否仍在，也茫然不明，由于语言上的隔阂，无从探悉。经过多方考虑，明廷认为抄袭老文章，绝不会有错，于是决定封秀吉为日本国王。明朝向来奉行海禁政策，此次允许协商贸易，在神宗皇帝看来也算是很大的让步了。
送走沈惟敬，日军众将喜忧参半，举棋不定。喜的是议和成功，可以安然退兵，封、贡皆有着落；忧的是丰臣秀吉的回书尚未到达。如果现在退兵，万一太阁大人回书送来，说要坚持作战，那岂不令人左右为难？