“好啊老蒋，这才是真正的武将，我杨元能和你这样的好兄弟并肩御寇，虽死何憾！诸位，人生不过百年，总得做点什么，对得起自己的良心和国家，咱们是武将，同样是死，不死在沙场上，难道还要死在军法上吗？忒也丢人！”
听他这么一说，众人热血沸腾，就连那胆小怕死的也认命了，纷纷道：“左右是个死，大伙愿和将军共进退。”杨元心中又是感动，又是无奈，暗想，各位兄弟，不是我杨某不给大家一条生路，实在是军法无情，职责所在，虽然也曾见过怯战逃跑的将军，但那决不会是我，也不会是你们！
正在这时，有守城偏将来报：“倭兵大举来袭，已经合围南原！”众将听了虽然无人开口，但都明白，决一死战的时刻到了。
7月初明军来到南原时，已经着手对这里的城防进行改造。有明一代，最善筑城，杨元做为领兵多年的高级军官，更是深诣此道，在这一个多月的时间里，环城挖掘了三道壕堑，每道堑深一丈二，最外一层密插竹枪、铁棘藜，沿堑砌了一圈矮石墙，墙后列虎蹲炮四门，鸟铳兵、火铳手各100，弓箭手500，长枪手、藤牌刀手各300人。
中间一道堑内同样密插竹枪铁、棘藜，沿河亦砌了石墙，墙后列轻佛郎机炮(大口径火铳)40门，铳手100，弓箭手300，最里一道距城墙40步，引附近河水灌成护城河，以城楼鸟铳弓箭遥守。三道壕堑之间以栈桥相连，随时可以拆断或焚毁。有两千明军士兵守壕。
城楼上东西北三个方向各设威远炮两门，这种炮是根据大将军炮改装而成。重量减轻了许多，改制后的炮身去掉铁箍，并将装药部位增厚，前加准星，后设照门。这种炮竖起来像巨大的花瓶，口径两寸两分，全重120斤。炮弹分大小两种，大弹三斤六两，射程六七里。小弹六钱，一次可装两百枚，用来杀伤步兵，射程约四里。另有虎蹲炮20门配属各门方向。每面城楼上另驻朝鲜兵百余人，明军鸟铳兵百余人，共计千余人。
马军指挥使蒋表率明军骑兵500列队西门外，朝鲜兵使李福男率朝军骑兵150人列队南门，随时准备驰过栈桥支援各壕守军，共计850人。
南原城东、北两门用石块封死，在城内用砖石夹成甬道两排，筑石墙三道，每道石墙后列守军100人，形成门内有门的布局。杨元则亲率500亲兵登上西门，指挥全局战事。