南京光复之后，由于是同盟会林述庆率部首先攻入南京，因此他不等其他部队入城就自任江宁都督，接管政权，有不少违纪士兵抢劫财物、侮辱妇女，这让其他各省军队和其他同盟会人颇为不满。
萧震雷率部进城后立即下令对趁火打劫的不法分子进行了镇压，抓了一批人，为此，林述庆以为萧震雷是故意针对他，对他极为不满，加上他在镇江与其他同盟会成员和光复会成员不和，在革命党人中处于被孤立的境地。没过两日，他便向联军总司令萧震雷请命杜江北伐。
渡江北伐是萧震雷早就决定好了的，在南北谈判结束之前，能够抢多少地盘就抢多少地盘，而且抢了决不能吐出来。
萧震雷率部进城后一面接管政权，一边派人稳定市面，发布安民告示，同时派人去招兵，以补充各部还不满员的兵力。
光复后的南京不能没有政权稳定市面，可林述庆又最先自任自己为江宁都督，但没有人买他的账，最后经过多方斡旋，林述庆才自愿放弃江宁都督之位，出任北伐军临淮总司令一职，江宁都督由萧震雷暂代。
光复南京之后，战争并未结束，张勋等人还盘踞在徐州虎视眈眈，萧震雷处理好南京的事务就准备率军北伐，让徐绍桢率一部留守南京并接待各省代表。
原本在上海光复之后，陈琪美就电邀各省派代表聚集上海商量组建临时政府事宜，又电请湖北军政府都督黎元洪速派代表来沪参加。由于武昌是革命的首义之地，理应表示尊重，各省代表纷纷建议以武昌为民国临时政府所在地，在临时政府还未正式成立前，推举黎代行临时总统职权，并请伍廷芳为临时政府外交代表。
而湖北军政府却始终坚持代表会议一定在武昌召开，旅沪的各省代表们经过商议决定再各派一人前往武昌，一人留守当任联络事宜。
11月30日，已经宣布独立的革命军11省代表齐聚汉口英租界顺昌洋行召开第一次革命军各省代表会议，会议公推湖南代表谭人凤为议长。
12月2日，代表当中有人提出暂时虚临时总统之席，如果袁世凯同意共建共和，则待袁世凯反正之后再推举袁世凯为临时总统。
3日，各省代表们继续会议，在一天时间内就通过了《临时政府组织大纲》，于此同时，南京光复的消息传来，各省代表们兴高采烈，决定以南京为临时政府所在地，于是各省代表纷纷移往南京举行。
12月5日，代表会议接到清政府通知，清廷方面已经派唐绍仪为全权代表南下赶赴汉口就南北和谈问题与黎元洪进行谈判。
此时萧震雷已经率兵北上，南京由徐绍桢率部留守，宋世杰辅助。在行军路上接到宋世杰发来的电报，电报上说孙文听到武昌起义成功的消息后已经从美国启程回国，现在正在路上，孙文乘坐的船将在香港停靠。
接到电报后，萧震雷给海军方面发去电报，让萨镇冰派一艘海军舰船前往香港迎接孙文前来南京商量组建临时政府事宜。萨镇冰接到命令后随即派军舰前往。
萧震雷率部渡江北伐之后，同盟会陈琪美与江苏都督程德全、浙江都督汤潜寿和留沪各省代表们商议决定南京为临时政府所在地，并选举黄兴为临时大元帅，黎元洪为临时福元帅，由大元帅组阁，成立中华民国临时政府，于是当天，陈琪美就致电武昌方面。
在汉口的各省代表听到这个消息，大多表示反对，认为留沪代表违反了11月24日代表联合会议的决议，那次会议决定留沪代表仅负联络之责，并无组织政府之权，此项选举应作无效。
同时，武昌革命党成员在私下里又提出了异议，不愿黄兴挂此大元帅之名。原因在于汉阳失守后，黄兴曾主张放弃武昌，而军政府军务部长孙武等人却坚决反对。结果，黄兴在那次会议上成了孤家寡人，所有人都反对他放弃武昌的意见。因有此嫌隙，黄兴能否代表革命党执政的确成了疑问，黄兴本人也有点心灰意懒，他在听取了武昌代表的意见后，推辞任职大元帅。
这样一来，各省代表只好重新开会，举黎元洪为正帅，黄兴为副帅。那时，黎元洪本人尚在北方，一时半刻又来不了南京，选举大元帅一事就此搁浅。
陈英士对此持否定意见，他说：“代表不分留沪赴鄂，权力完全相等。你们一去无消息，怎见得上海就不能行使正当权力呢？”他力劝黄兴出来担当此任。
1911年12月中旬，两湖、两广、福建、江西、山西、陕西、及云、贵、川、皖、苏、浙和奉天15个宣布独立省份的代表，奔赴南京，大家聚首一堂，所谓的地区和职权都不存在了，通过协商，决定根据《临时政府组织大纲》在12月16日开会讨论选举临时总统。
接着，又有消息传来，说唐绍仪曾在汉口表示：“袁世凯并不反对共和制。”于是，又有不少代表在选举临时总统的问题动摇起来。
12月16日代表会议上，有人动议，应当根据12月2日汉口代表会议的决定，暂时不选举临时总统，以待袁世凯反正归来。不过又有人提出在这个过渡时期应该先成立临时军政府代行临时的职权，因而大元帅的问题又被重新提到了会场上来。