“终止新世界计划……封锁撒玛利亚人……已控制神盾航母……解开复仇者大楼封锁……”在人类听不到的世界里，两个声音在沉静地交流着。
撒玛利亚人的界面被tm接管，格里尔看着眼前的景象，猛地站了起来，脸上说不清是什么表情。他看着撒玛利亚人被强制停止，而黑色的屏幕上只打出了一个词——
“停下（stop）！”这是tm对九头蛇和德西玛的警告。
“这不可能，那个该死的机器不是被撒玛利亚人吞噬了吗？”皮尔斯低声询问身边的格里尔。不仅仅是tm，一同上线的还有贾维斯，后者接管了航母的一切控制权。
确实是这样的，复仇者和神盾局本来不该有还手之力，只是谁都忘了他们还有一方盟友。皮尔斯并不清楚，提姆潘尼沃斯给九头蛇提供的谜语人原始系统中，加了一点氪星科技的手段，并且由布鲁斯加以编程。
这套系统被佐拉博士使用进自己的程序，当撒玛利亚人吞噬了佐拉之后，他就等于吞噬进一个后门。当他再次如法炮制地消灭贾维斯和tm时，布鲁斯借助后门将两台ai放走。然而即便操作及时，tm和贾维斯仍旧受到了损害。
蝙蝠侠不得不耗费时间修复他们，他一方面让叉骨继续支援复仇者，另一方面则做好了第二套计划。万一复仇者失败，在撒玛利亚人执行核心算法的时候，他的本体是最薄弱的。修复完全的tm和贾维斯联手，可以轻而易举地攻破他的防线。
于是，才有了如今的结局。
神盾局所剩无几的人员开始反击，上帝之战他们获胜了，人类的战斗却还要他们自己去打。虽然在贾维斯的帮助下，不少九头蛇和德西玛的特工被直接反锁到房间里。另一些则在监控探头下无所遁形，复仇者接到消息后，也立刻帮助还击。
皮尔斯见势不对，准备离开。你知道九头蛇的，他们之所以能够一次又一次在失败中存活下来，靠的不仅仅是阴谋诡异，还有足够的谨慎。
他带着亲兵从紧急通道做小型飞机逃离，至于格里尔和德西玛？这群成事不足败事有余的家伙，被神盾局抓了也无所谓，反正这台航母注定要沉下去的。
就让他们一起死吧！皮尔斯眼中闪过一抹杀意。他坐到了飞机里面，那一队亲兵陆续上去后，驾驶员操作着飞机逃离航母，皮尔斯愤愤地按下了手里的开关。当然，他没看到的是，叉骨也跟上去了，并且就坐在副驾驶的位置上。
九头蛇在航母关键位上装满了足够炸沉它的炸药……所以才说神盾局航母都是命运多舛的结局。你看上次洛基弄沉了一艘，这次又是一艘，也是够了！
哦，别指望托尼，他才不会付账单。
航母失去了对机体的控制，连贾维斯都没办法让它回到航线上。这个金属的庞然大物笔直地往下冲撞降落，而下面就是一座城市，里面居住着无数普通民众。