與其他不同的是，科爾沁聞名於世的多是女人，如孝端文皇后哲哲，她以側福晉之禮嫁給皇太極，後來被冊封為皇后。孝莊文皇后也就是常常被稱為孝莊太后的順治帝的生母，生下順治帝福臨得以封后。還有皇太極最愛的女人宸妃海蘭珠。
因此在崇尚勇武的蒙古大草原上，科爾沁並不能夠服眾。
康熙發現在大清與其他蒙古諸部的交往中，科爾沁在其中起到的角色耐人尋味。在太皇太后掌權後，除了科爾沁部，其他的蒙古諸部與大清的關係日漸疏遠。
如嫁給太宗皇太極的懿靖大貴妃，當時地位上在孝莊太后之上，她是阿霸垓郡王額齊格諾顏之女。原為末代可汗林丹汗囊囊福晉，生子阿布奈。天聰九年金軍包圍林丹汗的族人，準備正式征服察哈爾。新守寡的囊囊太后為了族人的性命向後金大汗皇太極讓出北元的玉璽。也是孝莊太后敵人之一。
隨著懿靖大貴妃在孝莊掌握權力後，她所代表的勢力逐漸與大清漸行漸遠。之後因為董鄂妃的緣故，懿靖大貴妃更是恨極了孝莊太后。董鄂妃原本是博穆博果爾的嫡福晉，後來順治帝福臨搶奪弟妻，博穆博果爾死因不能說是沒有孝莊太后的手筆。懿靖大貴妃與孝莊太后更是反目成仇，她指使自己的長子阿布奈(林丹汗兒子)對科爾沁多番打擊，孝莊太后奈何不了懿靖大貴妃，也只是眼不見為淨。
後來在康熙八年，孝莊太后告訴康熙要除掉阿布奈，因為他疑似有叛亂之舉，康熙並未懷疑孝莊太后的話，就以多年不朝覲等為由，削其親王爵，將其監禁於盛京，並令其子布爾尼襲爵，將安親王岳樂之女嫁予他為妻。
康熙作為一個帝王所想的終究與孝莊太后一個女人不一樣，孝莊對懿靖大貴妃這個搶奪自己丈夫的女人深恨不已，只要找到機會就要打擊她的勢力，出於女人天生的嫉妒心，孝莊太后對這個更得夫君看中的女子極為厭惡。
而康熙看中的只是懿靖大貴妃深厚的實力，畢竟身為林丹汗的大福晉還生有兒子，林丹汗的大部分勢力都由她繼承。
林丹汗身為蒙古的末代大汗，成吉思汗的嫡系後裔、達延汗的7世孫。地位尊貴，曾經是蒙古草原的共主，理論上整個蒙古都是他的。在大義上，即使是科爾沁，名義上也是他的屬下。
林丹汗在蒙古的號召力極高，康熙想要穩定蒙古，對於阿布奈雖然讓其監禁在盛京，但並未虧待他。
但在康熙接受順治帝的勢力後才知道，這一切都是孝莊太后為了打擊懿靖大貴妃而使出的計謀，這不由讓康熙懷疑孝莊太后以別人危害他地位的名義害了多少人。
康熙細思極恐，想著過去在太皇太后的建議下他除掉的人，如果他們都是無辜的，那麼有多少人因此而敵視他的呢?這時康熙作為帝王常有的疑心開始冒出來。即使他們不是無辜的，但康熙想到自己可能一直在太皇太后的控制下處理朝政，多少理解了皇父順治的無奈，可康熙作為一個能名聞後世的諡號為‘清聖祖’的皇帝來說，他怎麼會甘心想自己的皇阿瑪那樣受到孝莊太后的鉗制。