第四章思想自由與宗教寬容
元朝的全方位大融合也造就了思想上的空前活躍。在思想文化上，元朝的統治者與遼、金等少數民族統治者一樣，他們積極吸取、接受漢族文化傳統，以“武功定天下，以文德治海內”，並以孔子創立的儒家學派為正統思想，作為儒學宗師的孔子，也被封為“大成至聖文宣王”。
朝廷還設立官學，以儒家的四書五經為教科書，“自京師至於偏州下邑，海陬徼塞，四方萬里之外，莫不有學”。元朝的最高統治者還親自帶頭學習經史，表示對於儒學的重視。並下令翻譯儒家著作，還請名儒學大師講授漢文經典，要求皇室成員、群臣百官都必須習讀儒經。
在朝廷中，統治者任用儒士，如耶律楚材、趙復、許衡、姚樞等一批漢族或少數民族中的儒林名士，都先後委以要職。在他們的宣傳、影響之下，使儒家學說在元代得到廣泛的傳播。
在程朱理學的地位被統治者得到確認的同時，儒學聲勢的顯赫也存在著很多不和諧的韻律。因為，元朝統治集團的上層，來自不同的民族，他們在利用正統的儒家學說鞏固統治的同時，也尊崇各族固有的宗教信仰。信仰的多元化，削弱了儒家思想在群眾中的影響。事實上，元朝的最高統治者懂得不同的學說、教派，也知道其有著不同的效用。元仁宗常常說，“明心見性，佛教為深，修身治國、儒、道為切”，因而都予以寬容。
至於儒學本身，也在各種思想的碰撞中，在崇尚功利的社會心態影響下，分化為不同的流派，甚至分裂出像鄧牧那樣把儒家大同理念與道家無為主張結合起來，敢於抨擊皇帝專制和官吏貪暴的思想家。總之，“元有天下，其教化未必古若也”，程朱理學獨尊的局面也發生了變化，演化出各種各樣的複合體和交叉體，思想領域呈現出各種觀點和流派爭雄鬥勝的特色。
元朝廷對各門宗教採取兼收並蓄的態度，加以優待和提倡，唯獨禁止白蓮教和彌勒教，因為這兩種宗教在民間秘密流傳，已成為農民進行反抗鬥爭的工具。在這種政策之下，佛教、道教，基督教和伊斯蘭教等都得到很大的發展。另外，景教和明教（摩尼教）等也都可以自由傳播。
元代最盛行的宗教是佛教，特別是從西藏傳來的喇嘛教。喇嘛教是佛教傳入西藏後形成的一個教派，最受到元朝統治者的尊重。吐蕃（今西藏）地區，在貴由為蒙古大汗時，已通過吐蕃的喇嘛教薩斯迦派首領薩斯迦班智達向蒙古納降，接受蒙古對吐蕃的統治。