在曆法方面，札馬剌丁依照阿拉伯曆法編制有《萬年曆》；而王恂與郭守敬等合作，在反覆學習、稽考《哈基姆星表》及其他資料的基礎上，於公元1280年編制完成一部著名的曆法——《授時曆》。在編撰《授時曆》的工作中，王恂負責推演計算，郭守敬負責實際觀測和製作儀器。《授時曆》以365.2425天為一年，與地球繞太陽一周的實際時間只有26秒的差距，其準確程度相同於現行公曆，自元以來一直延續使用了約360年。
在數學方面，元朝也是其發展的黃金時期。中國人使用阿拉伯數字是從元朝開始的。這些美妙的數字是元朝時期來華穆斯林數學家贈與我們的禮物。1957年，在西安元代安西王府遺址中，考古隊員發現5塊鑄有阿拉伯數字鐵塊，其中4塊出土時夾在鑿刻整齊的兩塊方石中。經研究，這是用阿拉伯數字排列的六六幻方，其縱、橫、對角線的數字之和為“111”。上述遺蹟是1273年修建安西王府時，作為奠基埋藏的。
元朝是繼兩宋中國數學後躋身於世界水平的黃金時期。中國數學家不但繼承、超越了以往的數學成就，而且眾多來華穆斯林數學家將先進的數學知識傳入中國，使中國的數學研究在元朝有了質的飛躍。