同時，人們的頭腦中存在著許許多多的疑問：白天和黑夜是怎麼回事？
颳風下雨又如何解釋？電閃雷鳴是怎樣形成的？為什麼會出現夢境？正在一起採集打獵的氏族成員怎麼會永遠的不動了？另外，還有海波的蕩漾，火山的爆發等等，這一切自然現象，都使得原始人感到頭昏目眩，同時對這些現象產生了奇異感、威脅感和恐懼感。因為不能解釋這些奇異現象，沒有能力去克服這些威脅，因此，原始人把一切不能理解的自然現象，都歸為有靈魂的存在，認為與人類的生存有密切的關係。從而，也就形成了信仰和崇拜超自然的神靈。
不言而喻，自然力和自然物對原始初民的生活產生著極大影響。萬物有靈是自然界的人格化，由於幻想有各種神靈，在人類的意識中便把這個世界變成了人與神的世界，而此時的人類，在很大程度上都要服從於大自然的安排。因此，崇拜自然界中的一切神靈，便逐漸形成和發展起來。
正如拉法格所說："在生命中和在自然中都存在著許多謎，這些謎常常占據著人的腦力，一當人們開始思想，他們就試圖來解答，並且盡其所能和按照他們的知識所允許的限度內解答了它們，原始人的這些解答，許多次都不得不是錯誤的，卻變成了無可爭辯的真理，作了思想的結構的基礎"①。人類在其發展的低級階段，沒有把自己和自然界區分開來，人把自然界的事物和現象在他身上產生的印象和感覺，看作是它們的特性。人把實在的、非神靈的事物現象轉化為神靈的、幻想的實體②。
在原始人的思維能力中，可以看出他們的萬物有靈觀念，已經獲得較高的發展。人類用同自身類比的方法，來判斷這些現象和力量，在他們看來，世界似乎是有靈性的，現象也似乎是那些與他們本身一樣的生物，即具有意識、意志、需要、願望和情慾生活的活動結果，這些生物就是靈③。
事實上，生活在童年時期的原始人類，對自然界所發生的一切自然現象，都不能理解。人類在萬物有靈的環境中，差不多完全受著陌生的、對立的、不可理解的外部大自然的支配，因而自然界便成了人類生存及生產實踐活動的主宰。換句話，人類在大自然面前，只能是無條件的服從它。
原始人同時還認為，在他們周圍，這種具有靈魂的力量在自然界中是無所不在的。
民族志的材料告訴我們，萬物有靈和神靈無所不在的宗教意識，在當代還有相當的殘餘。北美的印第安人崇拜的精靈便多達百種以上。在中國古代的神話中，也有關於盤古創造萬物的傳說，"首生盤古，垂死化身。氣成風雲，聲為雷霆，左眼為日，右眼為月，四肢五體為四極五嶽，血液為江河，筋脈為地理，肌肉為田土，發髭為星辰，皮毛為草木，齒骨為金石，精髓為珠玉，汗流為雨澤，身之諸蟲，因風所感，化為黎甿"①。
萬物有靈的產生，是原始宗教賴以形成和發展的基礎，並在這種基礎上相繼產生了自然崇拜、圖騰崇拜、祖先崇拜、生育崇拜等原始宗教形式。這些原始宗教形式，儘管其產生的序列有先有後，但在其發展過程中，卻始終與萬物有靈觀念緊密地聯繫在一起，映現著原始人的思維觀念。