这等于默许了王敦的处理方案。
王敦当即下令，将周和戴渊斩首于石头城南门外。
二人被处死后，王彬（王敦堂弟，王廙的弟弟）跑到石头城南门为周哭丧吊唁。他和周素来交厚，并且，他也不认同王敦的做法。
王敦得知此事很不高兴，指着王彬怒叱：“你知不知道伯仁是我杀的，你为什么给他哭丧！”
王彬回道：“伯仁并非刘隗同党，更是我至交好友，我凭什么不能给他哭丧？”说罢，他指着王敦怒骂：“你抗旨不遵，杀戮忠良，只怕要给琅邪王氏带来灭门大祸了！”
王敦听罢，气急败坏。
王导见状，赶忙把二人劝开。事后，王敦觉得王彬实在碍眼，便外派王彬做了豫章太守。
后来，王导翻阅他在辞官请罪期间的朝廷文书，无意中看到周为自己求情的奏疏，这才明白周原来救过自己的命。他内心无比悔恨，连声哀叹：“我虽未亲手杀伯仁，伯仁却因我而死。我愧对于他啊！”
骑墙者的结局
谯王司马承至死没盼来甘卓的援军。这个时候，甘卓仍在沔口晃荡着。
甘卓有个侄子名叫甘卬，任王敦麾下幕僚。王敦派甘卬劝甘卓退兵：“你就跟甘卓讲，我理解他出兵是为尽忠臣之节，我也是箭在弦上，不得不发。如果他退回襄阳，我保证既往不咎。”接着，王敦又从朝廷要来了驺虞幡，让甘卬带给甘卓看。驺虞幡前面曾多次提到，是朝廷敕令军队解除战备的旗帜。
甘卓一见驺虞幡，立时猜到王敦已控制了朝廷。他回想几个月前，自己在王敦和司马睿两边摇摆不定，没想到选来选去最后还是选错。可他没意识到，自己原本是个能左右战局的关键人物，却因为什么都不敢做，才让自己陷入困境。
甘卓决定撤回襄阳再说，但这么灰溜溜地走，又觉得没面子，便又找补了一句话：“皇室无恙已是不幸中的大幸。我驻守在长江上游，料想王敦不敢做出非分之举。”
乐道融先前把命都赌在了甘卓身上，他明白，甘卓一旦撤军，自己必死无疑，苦苦央求甘卓不要放弃抵抗。但甘卓铁了心要回襄阳。乐道融当日竟被气死。
现在，甘卓脑子里只有一个念头——怎么才能保住命。虽然他嘴上大义凛然说自己驻守长江上游是为牵制王敦，但说实话，就算打死他，他也不敢再跟王敦作对了。他前思后想，终于想出了一个对策，一个他自认为高明的对策。
甘卓一回到襄阳，就变得疯疯癫癫。更夸张的是，他居然将部下全部遣散去屯田。这样一来，原本拥有强大军事实力的甘卓等于主动放弃了武装。他究竟是出于什么心理才办出这么不靠谱的事？
不消说，他企图以装疯卖傻逃过王敦的毒手。
事实上，在王敦起兵之初，王导正是通过主动弃权的低姿态才逃过死劫。而且，历史上也不乏采用类似策略躲过政治劫难的案例。然而，甘卓却没想透彻，包括王导在内，凡是用这种手段死里逃生的臣子多具有以下特点：一、就算放弃权力，仍在政坛保留强大的影响力，主君投鼠忌器不方便杀；二、平常跟主君交情深厚，出了事，主君也不会太绝情。
遗憾的是，甘卓并不具备多大政治影响力，而王敦心狠手辣更是出了名。所以，甘卓这么干结果只有一个——死得更快。
果然，王敦得知甘卓主动遣散军队的消息后喜出望外，当即指使襄阳太守周虑干掉甘卓。
周虑轻松支开了甘卓仅有的几名侍卫，只派了一名刺客就砍下了甘卓的脑袋。无论怎么说，甘卓死得一点都不冤。
郗鉴的本钱
像戴渊、周、司马承、甘卓这几个握有兵权，且在战场上直接跟王敦对着干的人，王敦杀起来是绝不手软，但是，朝廷里有个人却让王敦颇有些摸不准、猜不透。
郗鉴受任中领军后即把大批军队留在江北只身渡江，结果他前脚才刚迈进建邺城门，司马睿后脚就宣布投降了。这人到底是个不要命的官迷，还是个把生死置之度外的勤王义士？王敦百思不得其解。
不管郗鉴是官迷还是义士，他选择这个时候来建邺，显然是步错棋。可郗鉴并不蠢，不仅不蠢，反而很聪明。我们可以通过他的性格试着分析一下他走出这步“错棋”的来龙去脉和真正意图。
郗鉴是东汉末年御史大夫郗虑的玄孙，他的家族称作高平郗氏。“永嘉之乱”发生后，大部分中原士人逃亡江东，少部分则西奔长安跟着皇帝司马邺混，郗鉴哪儿都没去，他毅然决然留在了战火纷飞的中原。郗鉴不去长安可以理解，谁都知道西晋撑不了几天，但江东是士人最安稳的避难所，司马睿更是正统皇室的潜力股，他不去江东又是图什么呢？
那时候，江东政权已经被琅邪王氏垄断，而高平郗氏属二等士族之列，完全没法跟琅邪王氏相提并论。郗鉴考虑到自己一没兵，二没功，三没名，如果就这么跑去投奔司马睿，充其量算个高级难民，难有出头之日。鉴于此，他决定先招兵买马，积蓄实力，等手里有了本钱，去哪儿都吃不了亏。显而易见，他选择了高风险高回报这条路。
中原遍布大批流民，不愁招不到兵。随后几年里，郗鉴在兖州一带坐拥数万大军，成了颇具实力的流民帅。而且郗鉴为人仗义，又是士大夫，这让他在那些土包子流民帅堆里拥有很高号召力。然而，等他好不容易攒足本钱却遇到了政策阻碍——司马睿严禁流民帅下江东。前文讲过，江东集团根本信不过这批流民帅，让他们留在江北，恰恰可以充当东晋和北方胡人势力之间的缓冲层。
郗鉴只好继续等待时机，就这样，他一直等到了王敦叛乱。司马睿情急之下邀请郗鉴入京勤王，并给了个相当不错的实权官职——中领军。当时被司马睿要求勤王的流民帅不在少数，但除郗鉴以外，其余流民帅都按兵不动，这是因为流民帅与东晋朝廷长久以来互不信任的结果。可郗鉴不一样，他本来就是士大夫，出仕朝廷天经地义，他并不想这辈子只混成个流民帅。
郗鉴多年的经营和等待总算有了结果，土鸡一下变凤凰。然而，在王敦风头正盛的时候去建邺也意味着极大风险。
但凡是赌桌上的高手，绝不会让自己陷入倾家荡产的窘境，他们总会备下充足的赌本。郗鉴好赌，而且是高手中的高手，他之所以敢在危难关头只身入建邺，是因为他在江北给自己留下足够多的本钱。郗鉴的本钱包含有形资产和无形资产两部分，有形资产即是他留在淮南合肥的流民军，无形资产则是他在流民帅中的影响力。
郗鉴的本钱，更准确地说是他给自己上的人身保险。如果王敦敢杀他，就意味着王敦将从此与流民帅势力为敌。
王敦果然不敢杀郗鉴，否则极易激起江北骚动。他也不想杀郗鉴，虽然司马睿召郗鉴入朝的意图是勤王，但从郗鉴的角度来说，他来建邺做官名正言顺，更何况他一没带兵，二没跟王敦干仗，其性质与刘隗、戴渊有本质上的区别。不过，王敦也不敢疏忽，他不能坐视郗鉴手握皇宫禁军兵权，便改让郗鉴当了尚书。
郗鉴一看没了兵权，索性辞官卸任，他有些失落，高风险没能换来期待中的高回报，但他不急，因为本钱还在，他还能接着玩。而且，他心里还藏着一个更大的计划。
一个憋了二十二年的计划。
保住太子
王敦自攻下石头城后，始终没有踏进建邺半步。一来，让他直接面对司马睿毕竟有些尴尬；二来，他更担心遭到刺杀。不过，他不能放手朝政不管，便只好假手他人。在这方面他唯一信得过的就是王导。虽然兄弟二人在某些政治立场上存在分歧，但毕竟是自家人，本着求同存异、顾全大局（家族利益）的基础，王敦让王导当上了尚书令，执掌尚书台政务。
两个月前王导在宫门辞官谢罪时被剥夺大部分实权，如今托王敦的福，他重新控制了尚书台。那王导具体帮王敦干了些什么呢？
在这段时间，史书中的王导像人间蒸发一样，鲜有记载。然而，从王敦入驻石头城后朝廷异常平静这点来看，王导绝对功不可没。他明白自己该扮演的角色——魏朝的司马孚，晋室的忠臣。
王敦可没有王导这么多忌讳，他杀了戴渊、周、司马承、甘卓等有威胁的重臣后，又罢免改任了数以百计的官吏，并任命堂弟王廙为荆州刺史，堂弟王邃为青、徐、幽、平四州都督，可谓只手遮天。然而，他暂时拿司马睿无可奈何，并不是他不想取司马睿而代之，只因有心无力。如果他动了司马睿，别说满朝公卿反对，就连包括王导在内的众多族人也不会支持。幸好历史上有无数权臣给王敦提供了大量教材范本。搬不动司马睿还可以打下届皇帝的主意。王敦决定等司马睿死后，皇权进一步衰落再伺机而动。
不过，司马睿早就册立长子司马绍为皇太子，司马绍年已二十四岁，年轻力壮，不用说，他绝非王敦心目中理想的太子人选。王敦想废掉司马绍，换个年幼的皇子当继承人。可凡事都得讲个名正言顺，废司马绍也得有合适的理由才行。
秉承魏晋的社会风气，身为人子最重要的品德是孝。要想把司马绍拉下皇太子的宝座，最致命的指控就是不孝。
这天，王敦把太子中庶子温峤叫到石头城训话，他声色俱厉地喝问道：“我听说司马绍不孝，你说，有没有这回事！”王敦希望这话能从温峤嘴里主动说出来，那无疑最具说服力。
温峤意识到，一旦司马绍坐实不孝的罪名，铁定玩完，他认定司马绍年轻有为，将来必成大器。为此，他决心拉司马绍一把，就算得罪王敦也豁出去了。于是，他顶着压力申辩说：“太子格局深远，非器量短浅者所能衡量。从礼法来看，则绝对是位孝子！”
温峤这番话博得朝野一片喝彩。
王敦不敢犯众怒，没再坚持。这是温峤第二次救司马绍，不夸张地说，他也挽救了东晋社稷。
新希望
王敦在石头城住了一个来月，见局势基本稳定下来，遂班师返回武昌。
对于王敦来说，废司马绍之事只是暂时搁置，他仍在等待恰当的时机，可人算不如天算，老天不给他机会。没多久，司马睿因忧愤交加得了病，眼看就要咽气了。
此时，司马绍依然是皇太子，王敦还没来得及换人。