然而就在何太驥考入太學之際，他叔父所在的池州御前諸軍卻突生變故，副都統制蟲達叛投金國，時任蟲達親兵的何上騏也跟著不知所終。傳聞說蟲達渡江北逃時，為了避免行蹤泄露，將隨行親兵盡皆斬殺，其中幾個親兵的屍體漂至下游，才被江中船夫撈起。何太驥一度以為叔父已經遇害，為此整日整夜地悲傷難過，直到很長一段時間後的一天，他突然收到了一封信，信中請他於某日夜晚，到淨慈報恩寺的西廂房投宿。此信雖未署名，但字跡很像他叔父何上騏的。他懷著激動而又忐忑的心情，如約去到淨慈報恩寺，投宿於西廂房中，深夜裡忽有人輕叩房門，他打開廂房的門，見到了已經剃度出家、化名為彌音的何上騏。
何上騏長時間音信全無，何太驥很擔心他發生了意外，直到親眼看見叔父還活著，不禁大喜過望。那夜在廂房之中，何太驥問起叔父這段時間的遭遇。何上騏不願多談，只說他是為當朝宰執韓侂胄所迫，才不得不隱姓埋名，避身於寺廟之中，只因怕何太驥太過擔憂，這才現身相見，希望何太驥對外仍稱他已死，不要對任何人透露他的下落。
何太驥雖不清楚叔父是如何為韓侂胄所迫，但他知道叔父不願過多透露，定然有其苦衷。他本就因為理學之禁對韓侂胄心存不滿，此時得知叔父的遭遇，對韓侂胄更增仇怨。正因為如此，他反對韓侂胄的態度才會比太學裡其他人更為堅決。
雖然極度仇視韓侂胄，但何太驥知道自己只是一個太學生，根本沒有任何力量能與韓侂胄抗衡。他只能在學業上更加刻苦，短短三年時間，便從外舍升入內舍，又從內舍升入上舍，再從上捨出任學官，得以踏上仕途。在他出任學官之前，長達六年的理學之禁終於弛解，但韓侂胄對待理學的態度並無多大變化，朝堂上沒有哪個理學人士能受到重用。何太驥認為只要韓侂胄在位一天，便如烏雲蔽空，理學將永無出頭之日，而他的叔父何上騏也只能一直隱姓埋名，委身於寺廟之中。