西部大队与中部大队的战斗一打响便失去了它们的指挥官，这使局势变得复杂了。指挥中部大队的聚斯曼中将在作战刚开始便因滑翔机在埃吉纳岛坠毁而毙命第11空军军的战报说，聚斯曼将军乘坐的滑翔机在空中被一架“亨克尔”式111 型飞机追上时，“机翼掉了下来”——一这显然是由于空气压力的缘故。。西部大队司令官迈因德尔少将在着陆前不久受重伤。
直到下午，作战室才了解到这些情况。这是因为当运输机安全返回基地（仅损失百分之一点四）和收到第八空军军的报告时给人的印象是“第一波已按计划着陆成功”。当时驻雅典的空降军司令部丝毫没有得到伞降部队的消息。临近中午，中部大队发来了一份电报，电文报告说，向干尼亚发动的进攻因损失惨重而受阻。西部大队也报告，激烈的战斗仍在进行，指挥官已负伤。由于最初抱有的乐观态度，所以第二波仍按计划出发，结果酿成了更大的失误和遭受到更大的挫折。
九时至十时，运输机返回希腊的基地。但事实证明在十三时之前，不可能让“容”－52作好飞第二架次的准备。每个“容”－52飞行联队起飞时间耽搁达三个半小时之久，其原因是：（1 ）加油困难；（2 ）必须首先把坠毁的飞机从跑道上清除掉；（3 ）起降过多飞机的机场尘埃密布，即使使用消防器材也无济于事。结果各运输机中队都未按战斗序列起飞，也没有同时到达目的地，只是在十五时至十八时之间才东一架西一架地到达。第十一空军军的战斗报告说明了如下情况：各个机场之间的电话通信常被切断，因此指挥官们不可能就拖延进攻时间问题进行磋商，也不可能重新安排共同发起进攻的时间。负责指挥第二特种任务轰炸机大队（伞兵运输机）的军官报告：在第一波着陆不久，他便意识到这种情况。但由于未能与他的直接上司（隶属于第十一空军军的地区作战指挥官）取得联系，于是他便直接向军司令部通话，要求推迟第二波发起进攻的时间。可是无法确定是否作出了决定，即便作出了，遗憾的是，也没有传达到实施第二波进攻的运输机大队。由于同样的原因，也未同第八空军军做出进一步安排。
轰炸机编队按原计划在十五时飞临雷西姆农与伊腊克林目标的上空，企图摧毁敌人的高炮阵地，或至少要压制住敌人的火力。紧接着，单引擎与双引擎战斗机飞来掩护伞降部队跳伞，压制对方的防御火力。由于这些飞机的航程短，在十六时十五分之后便不能再停留，因此大部分部队是在没有战斗机掩护的情况下实施伞降的。
中部大队现由施图尔姆上校指挥。其任务是占领雷西姆农飞机场，尔后向苏达湾推进。东部大队由布罗伊尔上校指挥，任务是占领伊腊克林城及其机场，并扼守该机场，保证后续部队空降着陆。