这两个大队都遭受了严重损失。原因是同第一波一样，它们都降落在防守坚固、伪装巧妙的敌防御阵地的中心。另外，由于运输机是毫无组织地到达的，这使敌人更易于完成其抵抗任务为了尽力补偿已经丧失的时间，运输机中有一部分是以三到四架飞机编成的小型编队飞向空投地区。施图登特将军在《世界综览》一书的第19页上写到：“第二波对伊腊克林和雷西姆农的攻击从开始在阿蒂卡机场时就失败了。”实际上，这说明有关的作战参谋机关之间的协作不够。。一些无经验的运输机机组人员犯了错误，把伞兵降落在错误的地点，造成了更大的混乱。由于许多伞兵都不能得到他们的补给囊，所以德军的物资损失也很大。
所有这些情况都使得中部大队未能占领雷西姆农机场。同时在敌人密集的火力下，向苏达湾推进的企图也没有实现。由于运输机在运送第一波进攻部队之际或其后不能及时赶来，当东部大队与敌人接触时，其兵力比原计划少了六百人。尤为糟糕的是，进攻的时间耽搁了，这给部队的进攻带来了更大的困难，以致最后东部大队未能夺取预定的目标是不足为怪的。在当时的情况下，布罗伊尔上校只能在夜暗的掩护下集结失散的人员并于翌日清晨向机场发动进攻。
五月二十日夜对作战情况的检查表明，在四个空投伞兵的地点，敌军的防御比预想的要强得多。三个机场无一被攻占，克里特岛的局势十分危急。马利姆的情况似乎好一些。傍晚，甚至有人错报：该机场尽管仍处于敌炮兵火力之下，但已被攻占。现在为了按计划使第五山地师进行空降着陆，十分有必要至少占领三个机场中的一个。在目前的情况下，那只有夺取距德军在希腊的空军基地最近的马利姆机场。虽然它比伊腊克林机场小得多，但看来可为进攻部队的胜利提供最美好的前景。英国皇家空军的历史学家曾写道：“简而言之，克里特岛之战的胜负取决于马利姆。”但是马利姆机场又是怎样陷落的呢？
马利姆机场南面的一○七高地是英军防御的要点。不过，开始德军并未从空中照片上看出它的重要性。因此只派了一个由科赫少校率领的加强连，搭乘滑翔机向一○七高地发起突击。结果伤亡惨重，突击被击退。西部大队指挥官迈因德尔少将着陆后很快认识到敌人防御阵地力量雄厚。该阵地从机场的西部边缘沿塔夫罗尼蒂斯河床通过一○七高地的西坡向南延伸。他立刻增加四个连的兵力向机场方向实施正面进攻，另外派出两个连从南面包围高地。马利姆周围的阵地由新西兰第二十二营扼守，营长是安德鲁中校。在通信与信号系统均遭破坏后，他认为已不再能对其部队实施有效的指挥，于是便在强大的压力下趁夜暗撤离阵地。这次“从马利姆的撤退”导致了整个克里特岛的失陷。