12月21日，日军登陆部队为攻占马尼拉而在仁牙因湾登陆。当时，美潜艇因备品不足，没有一艘能够参加保卫仁牙因湾的战斗。日登陆部队在严密的警戒下，于仁牙因湾内巧妙地利用浅滩水域和暗礁等天然条件，阻止美潜艇对它进行袭扰。只有S-38号潜艇大胆地突破其警戒线，击沉1艘即将进入锚地的运输船。“海豹”号潜艇对一艘开往登陆地域的小型货船进行了鱼雷攻击。
由于日军对马尼拉附近基地的威胁日益增大，盟国海军部队主动撤离。约翰·威尔克斯海军上校指挥的亚洲舰队潜艇部队，首先撤至达尔文港，后来又转移到弗里曼特尔在澳大利亚西南海岸。。只把“卡诺珀斯”号潜艇供应舰留在马尼拉湾，以保障潜艇继续作战。
这支潜艇部队除继续进行巡逻外，还须担任撤退任务和补给任务。这就是说，潜艇必须协助有关单位把平民百姓和重要军事人员转移到其他地方，从被围困的巴丹半岛和哥黎希律岛撤出某些财物，以及为逐渐减少的守备部队运送粮食、医药和弹药等补给品。
最先执行这项任务的是“海狼”号潜艇，它先送37吨弹药，后送25名陆海军飞行员、“卡诺珀斯”号潜艇供应舰上的一部分重要潜艇备品和16条鱼雷。“鳟鱼”号潜艇卸下运来的25吨补给品，而装上2吨金块、18吨银块和5吨邮件及有价证卷等物返航。该艇在返航途中还对敌货船和猎潜艇实施了鱼雷攻击。
在爪哇海作战期间，潜艇虽未取得什么战果，但美军已着手建立潜艇巡逻区，并开始改进潜艇战术。初期，潜艇通常在潜望深度实施昼间攻击。为了不被对方发现，只伸出潜望镜作短暂的观测。采用这种攻击方法时，只使用噪音测向器材而不使用回音水声器材，以免暴露自己的位置。最初的潜望镜不能准确地测出目标距离，而声纳只能提供目标的方位。因此，潜艇艇长实施鱼雷攻击时往往忽视距离这个因素。不久，潜望镜上安装了测距装置。潜艇艇长还知道，偶然用一下声纳测定距离，还不至于暴露自己的位置。能够准确测定目标的距离后，美国潜艇就可以实施较有把握的鱼雷攻击了。这时，德国潜艇已经开始采用夜间水上攻击的战术，但是，美国海军仍把潜望镜深度的昼间攻击作为潜艇的基本战术。为使空中侦察难以发现，美国潜艇的艇壳上涂黑色迷彩，这对夜间在水面活动的潜艇起不到多少伪装作用。加之没有夜间使用的性能良好的潜望镜，天黑后，潜艇就难以在潜望深度实施攻击。后来的经验证明，艇体的两舷涂上灰色的亮漆，对夜间行动具有很好的伪装效果。有了性能良好并适于夜间使用的潜望镜，潜艇就容易在潜望深度实施夜间攻击了。可是，美国潜艇直到有了较准确的鱼雷射击自动计算器(TDC)，装备了性能良好的雷达，鱼雷的质量已有很大改进之后，才成为一种机动灵活的兵器，才不分昼夜地并且是很有信心地对日本舰船进行袭击。