日本向南侵略的范围越大，它的船只遭到美潜艇袭击的机会就越多。尽管如此，从袭击珍珠港到珊瑚海海战之前，日军舰船受到的损失并不算大。在这期间，盟军潜艇击沉的日本舰船仅有水面舰只3艘没有大于驱逐舰的舰只。、潜艇2艘和商船35艘。但是在此之后，美国潜艇掌握了日本海上航运的规律，从而取得了很大战果。
日军把潜艇用于支援舰队作战，这在中途岛海战中表现得最为典型。在这次海战中，日军派遣潜艇单独活动，或在规定水域列成艇幕，以侦察美国舰队的行动，并对其进行截击。当时，日军在珍珠港和中途岛之间配置了两个潜艇侦察艇幕，但日潜艇占领阵位的时间过迟，因而未能发现和截击美国的航空母舰编队。在这次海战中，唯有伊-168号潜艇取得了显著的战果，击沉了“约克城”号航空母舰和“哈曼”号驱逐舰。
部署在中途岛以西近海水域的美国潜艇部队，也未取得什么战果。在双方航空母舰交战时，美“鹦鹉螺”号潜艇向“加贺”号航空母舰发射了一条鱼雷，但未爆炸，它还误认为击沉了“苍龙”号航空母舰。当天夜间，重巡洋舰“最上”号和“三隈”号为了规避“坦波尔”号潜艇而进行机动时相互碰撞。“三隈”号受伤后，航速减低，成为美航空母舰舰载机的突击目标。
从6月的中途岛海战至8月7日开始的瓜达尔卡纳尔岛争夺战，美潜艇的主要战斗活动是袭击日本的运输船队，在此期间共击沉商船约60000吨。而日军这时则将其潜艇主要集中用于印度洋，甚至驶至马达加斯加和非洲之间的莫桑比克海峡一带去袭击商船。此外，日军还派遣一部分潜艇在澳大利亚、新几内亚和萨摩亚一带海域作战，共击沉盟国舰船约30艘。
1942年8月初，美国最大的2艘潜艇“鹦鹉螺”号和“舡鱼”号(水上排水量2700吨，长113米以上)奉命去完成一项特殊的任务。这2艘潜艇在珍珠港搭载五个海军陆战连(由埃文斯·卡尔森中校指挥)，前去袭击吉尔伯特群岛的马金岛。当时，美军正在瓜达尔卡纳尔岛进行登陆作战，袭击马金岛是它的一种佯攻行动，企图把日军兵力从所罗门地区吸引过来。8月16日拂晓，美海军陆战队未遭到任何抵抗就登上了马金岛。上陆不久，日军的守岛部队立即徒步、骑自行车或乘坐卡车赶来进行阻击。根据上陆部队的召唤，“鹦鹉螺”号开始朝着交战的方向射击，但因没有弹着观测飞机，只能盲目射击。后来便转移火力，向礁湖一带水面射击，击沉3500吨的商船1艘和巡逻艇1艘。