1943年11月，日本终于设立了海上护航总司令部，较大规模地采取护航措施。然而，美军这时已开始采用狼群战术与之对抗。尽管日军的护航运输队还有许多弱点，但编入护航运输队的船只比单独航行的船只少损失百分之六十以上。而且，美国潜艇被日本护航运输队的护航舰艇击沉的，比被巡逻舰艇、飞机、水雷等兵器击(炸)沉的多。由此可见，如果日军更早一些而且更加有力地采取护航措施，就会大大削弱美国潜艇的战斗能力。
到1943年底，日本在海上的大部分船只都能得到某种形式的护航了。鉴于日护航运输队的规模较小，美潜艇实施突击的“狼群”一级不超过3艘潜艇，以便在战斗中保持密切协同。最初，实施这种狼群战术的方法是2艘潜艇分别在护航运输队的两侧占领攻击阵位，第3艘潜艇在敌人后面，准备袭击受伤的舰船，但是，要想对来去匆匆的护航运输队准确地占领这样的攻击阵位是非常困难的。因此，战斗活动教令规定，潜艇为占领适宜的阵位可以随机应变。美潜艇艇长们堪称为水下战斗的专家，他们既能昼夜实施攻击，也能在不同深度上从各个舷角进行攻击，其中包括从目标正前方和正后方这种困难的舷角进行攻击。因此，潜艇的战绩迅速扩大。
日本的运输船只，特别是生死攸关的油船，被击沉的数量急剧上升，日本战争机器的效能也随之迅速下降。人们不会忘记，在菲律宾海海战的前夕，日本由于本土油料储存不足，其机动舰队不得不以塔威塔威岛为作战基地。海战结束后，小泽率领其残存的舰只返回日本本土，修理完毕和补充弹药后，便因本土严重缺油而陷入困境。栗田则率领大部分水面舰艇开往南方。指林加地区。这样，日本舰队就只好分驻两地了。南方油料虽然充足，可是没有修理设备和弹药。这样，当美军为进攻菲律宾而实施莱特湾海战时，日本帝国舰队在这最后一次舰队规模的大决战中，却被分割在两个辽阔的海域，并被各个击被。如果日军将其航空母舰部队不是仅仅当作一种诱饵，而是当作一支强大的战斗兵力予以灵活运用，也许会获得很大的战果，然而，日航空母舰却无力进行攻击，这主要是因为航空燃料不足，加之自中途岛海战以来损失了大批飞行员，而且没有训练有素的飞行员加以补充。
这样一来，美国潜艇就可以从容不迫地追踪和袭击从东印度群岛向本土运油的日本船只，共击沉110艘。
进入日本海
到1945年，日本至南洋资源地区的海上交通线基本上已被切断，仅仍能从亚洲大陆，特别是从满洲，经由日本海运进物资。由于日本海的所有入口都已布雷，美潜艇在一般情况下不能进入这一海区活动。“坚头鲣”号潜艇曾两次试图闯入日本海，第一次鱼雷出故障，出师不利，第二次则有去无回。这样，在找到某种方法避开布设在日本海入口的雷群之前，日本海就象潜艇艇员们所说的那样，成了“裕仁天皇的御池”了。因此，封锁日本本土的任务也难以完成。