10 月18 日，莱特湾出现风速达30 米的暴风雨天气，牧野师团长还是查不清敌军的企图。他向全师团下发的一份通报称：敌军舰艇多数驶进莱特湾，但是否为进攻而驶进，或为躲避暴风雨，抑或是在台湾海面战斗中遭到损伤的部分舰艇窜进港内，不明。
铃木和山下等陆军将领对美军是否进攻莱特，都未能作出确切的判断。
但是，日本海军联合舰队司令部却坚信敌人很可能在菜特岛登陆，遂命令所属部队：
一，第1 游击部队卤圣贝纳迪诺海峡出动，全部歼灭敌进攻部队。
二、机动部队策应第1 游击部队的突人作战，把敌人牵制于北方、并相机歼灭溃败之敌。
三、第2 游击部队的第16 战队编人西南布向舰队，作为海上机动反击作战的骨干，坚决进行反登陆作战。
四、在菲律宾集中基地航空部队，彻底消灭敌航空母舰。
五、先遣部队以全力处理敌受伤舰艇，并歼灭敌登陆部队。
六、第1 游击部队突入登陆点的时间定在X 日；机动部队本队于X—1乃至X—2 日，进到吕宋东方海面。
七、X 日以特别命令规定，现在大体定为24 日。机动部队应按上述规定出击，由第1 机动舰队司令长官决定。
寺内司令长官接到山下奉文和丰田副武的报告，心中有些犹疑，究竟敌军是否想在莱特岛登陆，这关系到用兵重点，轻率不得。
正在这时，马尼拉突然遭受美军大规模的空中轰炸，牧野也报告，莱特岛内的塔克洛班、普劳思和圣帕布洛等机场均遭空袭。寺内根据上述情况，判定美军必在莱特岛登陆无疑，立即向大本营发电，提出关于发动“捷一号作战”的意见。