但《哥吉拉》的意义并不仅于此。就像长得像蘑菇的哥吉拉外观设计被否定一般，仅仅将哥吉拉定位为「氢弹」和「被爆者」还是不够的。哥吉拉还有作为「神」的定位。不过这和美国书写的「GODZILLA」中的上帝涵义不一样，这里的涵义是彻头彻尾的日本神明。
日本社会之所以会祀奉新的神，通常是因为一个人含恨而终或是死于非命。这类神和战功彪炳而神格化的英雄有着维妙差异。例如菅原道真、源义经、平将门这些因政治因素而死于非命(或含恨而终)的历史人物，因日本民俗中的孤魂信仰，而有了祭祀他们的神社。然而这种观念并不是单纯的同情弱者的所谓「判官山贔屓」(注23)而已。因为那些人无法达成诉愿而死，自责的心意会化为怨念并且留在这个世间作祟，为了安抚这些已死之人的怨念，因此后世的人们才会祭拜他们。所以，在《哥吉拉》片中，哥吉拉和芹泽博士也符合含恨而终。芹泽博士身边诸如山根博士等活下来的人，对于满足这个社会的期待而死去的芹泽博士产生「自责感」，甚至对随处造成灾害的哥吉拉也是如此。
当哥吉拉从海中探出头发出最后的咆哮时，观众就已经将看待芹泽博士的观点投射在哥吉拉上。因为哥吉拉一直躲在海底洞窟中，就好像芹泽博士在战后长时间隐居在地下室进行实验般。此外，哥吉拉因受到氢弹的伤害而产生突变，很像芹泽博士因为战争受到的伤而开始出现孤僻的性格一样。从两者之间的共通点来看，会将哥吉拉的吼叫视为芹泽博士的吼叫一点都不意外。单就孤独的部分来看，两者是十分接近的角色。如果引用《古事记》的用语，他们简直就有如「独神」(注24)。
虽然电台的播报员目睹哥吉拉死亡而兴奋地播报道：「现场洋溢着既欣喜又感动的气氛，我们终于获胜了。在这里我们亲眼见证哥吉拉的尸体沉入海底的深处，崭新世纪的化学家芹泽博士获得了胜利」。不过，山根博士对于芹泽博士切断空气管线以求自尽的选择，只能抑郁地脱下帽子并喃喃自语地说：「芹泽……」山根博士这个表现其实是用严肃的心情，对芹泽博士脱帽致敬。后来，船上所有人为了告慰芹泽博士的在天之灵，于是将得胜的心情放在一边，然后对着大海一起行脱帽礼。
让川本三郎等采用战争角度评论《哥吉拉》的研究者感触特别强烈的地方，绝对让战火余生的观众对死者产生出的「自责感」。对于芹泽博士的死，山根博士就是最有自责感的人。芹泽博士一直苦恼于「氧气破坏剂」没办法用于杀生以外的方式上，就和原子弹之父欧本海默常常烦恼核武无法活用在和平用途一样。正因为山根博士希望活用哥吉拉的破坏能源与生命力，因此山根博士更能理解芹泽博士心中的遗憾。而当芹泽博士和哥吉拉这活化石同归于尽后，山根博士心中的失落感也变得更加深刻。
如果将《哥吉拉》片中的哥吉拉当作神来看待，那也不是因为在大户岛上被当成土地神而以神乐祭祀的关系，而是因为它在电影里被那样打倒，而成为了一种日本神明。当然，哥吉拉并不是打从一出生就是神只。哥吉拉原本是生存在两百万年前侏罗纪的平凡恐龙，「贯彻它们独有的生存方式，一直长存至今」，却让我们目击了他经历放射能洗礼与死亡成神的过程。