该片进入片头字幕时，一开始先浮上第一代《哥吉拉》标题并将其粉碎，最后再覆上新的片名。其间还出现了氧气破坏剂的电脑动画。本片有两大重点，第一是《哥吉拉》中的山根惠美子再度登场，第二就是「氧气破坏剂」被赋予了全新的意义。就以「后续作品要如何重新解读起源故事」这一点来说，《哥吉拉VS戴斯特洛伊亚》是一个很好的例子。
剧情刚开始，哥吉拉和同类小哥吉拉生活的巴斯岛因爆炸而消失。这部分和《哥吉拉(一九八四年版)》中大黑岛的状况也有些许关连。后来，哥吉拉化身「红色的龙」(片中中文台词)，突然现身香港全力破坏。这是因为吸收了巴斯岛上的铀矿而进入临界状态。这只红色的哥吉拉一反往常黑色哥吉拉的举止而随处肆虐。
这次的故事以新闻主播山根由佳里(石野阳子饰)、大学生山根健吉(林泰文饰)两姐弟为中心。此外还有物理学家伊集院(辰巳琢郎饰)，他在研究氧气过程中，发现了「微氧」这种小型的氧分子作为全新能源的可能性。在节目中，伊集院对此展现出乐观态度，相对地山根由佳里却对此持否定见解。相对于姐姐对科学进步抱持着怀疑观点，弟弟则沉迷于研究哥吉拉。健吉透过网际网路将自己的哥吉拉研究报告送给美国研究机关评估，并获得了认可。
山根姐弟是当年成为山根家养子的新吉所生的孩子。当年《哥吉拉》中以惠美子为中心形成的类家庭，就这么延续了下来。只是作为姑姑登场的并非尾形惠美子，而是山根惠美子，或许可以想像他们在《哥吉拉》故事后走上了另一条未来之路。片中完全未提及尾形，反而在这惠美子守护的家中明显能见着山根博士、芹泽博士的影子。虽然山根博士的书房整个重现出来，但那儿也有芹泽博士的照片。当然就东宝的立场来说，既然已经让《哥吉拉》中饰演尾形的宝田明演出那么多部东宝的怪兽电影，也许是到了此时决定不打算由他演出;但惠美子就因此在本片中倒退为追忆父亲与故人的守旧女性。又或者可以解读为，惠美子心怀对芹泽博士的歉疚，导致与尾形婚姻破碎，最终离婚回到原生家庭。
但即使没有血缘关系，惠美子依然是山根由佳里的姑姑。如前所述，惠美子在香山滋《哥吉拉》的原始设定中，本来就是被尾形戏称为「女中豪杰」的「战后世代」坚强女性。在电影中，这被重新塑造为父女戏码，而原先设定中的积极性则改而呈现在其他地方(注27)。而这一次在《哥吉拉VS戴斯特洛伊亚》里，这种积极性则被由佳里所继承。
在《哥吉拉》剧情中，惠美子身为尾形未来的妻子，以及山根博士、田边博士的助手，她的特质在昭和系列中化为「负责补佐男性工作但并非百依百顺」的女性形象。不过在平成系列时，则化为与「企图打倒、对抗哥吉拉的男性」相对立的「能够理解哥吉拉/大自然的女性」。这种女性形象的代表就是三枝未希这个能用心灵感应与哥吉拉相通的女孩，她会在平成系列中一再地出现。她也可以说是继承了以心灵感应和怪兽沟通的《魔斯拉》小美人，维系着怪兽片吸引女性观众的目标取向。在这之后的新世纪系列中，更出现了「和哥吉拉对抗的女性」，一跃为电影焦点。