天圣九年，太后的侄子、蔡州团练使刘从德死去，获赠节度使头衔，还追封国公爵位，这本已大大超越规格。但在宫闱的干预下，死者的家属、门客及仆从近八十人又被录用为官，恩泽待遇空前。这的确太过分了，四位御史接连上奏批评败坏规矩。太后闻听大怒，下令将奏章交由宰相处理。吕夷简知道老妇人的厉害，便不问是非将为首的曹修古谪往外地，其余三人也分别加以贬降。
明道元年（1032），皇宫发生大火。灾后，依照天人感应之说的惯例，官员们可以议论朝政得失。秘书丞刘越等官员乘机上奏要求太后还政天子，吕夷简内心应有同感，却不表态支持。翌年，年迈多病的刘太后拜谒太庙前，表示想穿戴天子的衮冕，参知政事薛奎认为不妥，但吕夷简也不加阻拦，太后遂如愿以偿。从诸如此类事例中，可以窥见吕夷简顺从太后、尽可能回避冲突的事实。
另一方面，在关乎仁宗地位、感情的重大问题上，吕夷简也运用权谋据理力争，从而赢得了天子的感激和信任。
说起来，当今天子的身世也令人同情。刘太后因一直不能生育，没有子嗣成了最大的心病。仁宗是真宗皇帝唯一的血脉，从小却离开了生母，被当时还是皇后的刘氏夺去当儿子养育。但刘太后听政后，多疑猜忌，还是不放心小皇帝，总惧怕他背叛自己。为此她多留了一手，以真宗早夭长子托梦为由，将真宗异母兄弟之子允初养于宫中，一旦仁宗不如其意，可以随时取而代之。这的确对尚未亲政的仁宗构成了潜在的威胁。赵允初成人后，吕夷简深感情况不妙，担心发生变故，思前想后，他决定出面解决。在他耐心而坚决的说服下，太后只得放弃原来的打算，传旨令赵允初出宫。此举使得吕夷简一直到死后，仍能深深打动仁宗皇帝，也是他长期获得眷顾的一块重要基石。
明道元年二月间，仁宗的亲生母亲李宸妃病死。当日，天子对自己的身世真相一无所知，只有少数知情者清楚死者的身份。太后当然不愿公开这个秘密，便打算以普通宫女的规矩隐秘治丧于宫外。这又是一个棘手问题，如果处理不当，天子亲政后一旦获悉真情，必然要追究，主政大臣自是难辞其咎。于是，吕夷简冒险主动入宫询问李妃死讯，太后一听就紧张起来，气愤地对他说：宰相也要管宫中的事吗？言毕即拉着年轻皇帝离开。随后，太后独自出来质问吕丞相：卿为何要离间我母子？吕夷简镇静地回答：太后日后不想保全刘氏一门吗？他说这话，是在暗示秘密不可能长久，如眼下不顾天子的亲情，刘家将来必受其祸。太后听罢，觉得言之有理，是为自己考虑，怒气才逐渐消退。随后，吕相公又坚决反对凿破宫墙运尸出殡的做法，请求以公开大礼下葬，并通过宦官向太后传达自己的忠言：李宸妃诞育陛下，而丧不成礼，日后必有受罪者，到时莫怪我今日不提醒。在他的坚持下，李氏才得以礼入葬，李氏胞弟李用和也获得提拔的安抚。
果不其然，次年太后刚死，天子便得知自己的身世。当有人反映陛下生母死后遭受非礼后，仁宗指派亲舅李用和开棺查验，结果看到在水银的保护下，死者面色如生，冠服也属皇太后的标准，才打消了对刘太后的怨气。