北京大学历史学系所藏有关宋案密档，则为该系所藏袁世凯密档之一部分。根据清华大学校史档案记载，袁氏密档最初是20世纪50年代初，由清华大学历史学系自袁氏心腹幕僚曾彝进处购得，[29]后因院系调整清华大学历史学系合并于北大，该部分档案遂转归北京大学历史学系收藏。其中与宋案有关之档案主要包括以下几个方面：（1）宋案相关电文，如袁世凯与黄兴、谭人凤、黎元洪、岑春煊等往来电文，国务院请禁宋案谣言电文，蔡锷等部分地方都督关于宋案之通电等。（2）赵秉钧和政府方面自辩之相关文件，如赵秉钧自辩勘电底稿，总统府、国务院宋案证据逐条辨明书稿本，宋教仁被杀真相稿本，袁世凯手定赵秉钧拒绝出庭对质真电底稿等。（3）赵秉钧呈请解职文底稿及批示底稿等。（4）有关血光党之文件，如军政执法总长陆建章给袁世凯的呈文，血光党纪闻稿本等。（5）袁世凯方面自造之宣传品，如《一个军官的谈话》《呜呼，国民党之自杀政策》《解剖孙逸仙》等。
以上两处藏档，一以洪、应为中心，一以袁、赵为中心，恰好可以互补。其中有部分档案内容在当时或后来已经公开，但还有相当一部分至今不曾公开，也从未见研究者利用。此外，需要注意的是，洪述祖早年名洪熙，研究宋案必须研究洪述祖个人历史，在中国第一历史档案馆藏有少量关于洪熙的档案，对于了解洪述祖早期历史极有帮助。而关于刺宋案发生后袁世凯方面对舆论的压制，在中国第二历史档案馆藏有少量档案，可供参考。
2.史料集
到目前为止，已经印行的专门或集中记录宋案的史料集，主要有以下各种。
（1）《前农林总长宋教仁被刺案内应夔丞家搜获函电文件检查报告》（1913年铅印本）。
（2）徐血儿、叶楚伧编《宋渔父》（上海民立报馆，1913）。
（3）杞忧子编《宋渔父》（上海杞忧书社，1913）。