在他的严厉督促下，明朝庞大的官僚机构以少有的高效率再次组成了战时内阁，因为李如松正在辽东和土蛮作战（蒙古察哈尔部），改派麻贵为备倭大将军，佥都御史杨镐为经略，再以新任兵部尚书邢玠转任总督，统御全局，赐尚方宝剑。
麻贵是武将出生，在大同守边，有着丰富的作战经验。杨镐却是文人，万历八年的进士，在朝中有很多知交。虽然他也从过军，偕同大帅董一元，在雪夜里度墨山，袭击过蒙古，获了胜仗，但他绝不是能冲锋陷阵的勇将。这次他奉命征倭，在官阶上除了邢玠而外，以他最高，成为前线的总指挥。
这次明朝下定决心要打一场大仗，拟集中步骑兵14万人入朝作战，是第一次援朝兵力的4倍。
由于没有意识到日本宣战的突然性以及平定播州的战事正急，从南方抽调部队需要一定的时间，在5月之前，这14万人基本还停留在兵部的名册上，而在朝鲜境内，明军只有近5000人驻防。
6月，日军驻留在釜山的主力袭击朝鲜部队，杀死朝方郡守安国弘，大战一触即发。朝鲜国王李昖一边收拾财宝准备逃跑，一边轻车熟路地派人向明朝告急。到了6月底，明军援朝先头部队杨元、吴惟忠、陈愚衷军先后到达忠清、全罗道。杨元率军3000驻南原(属全罗道)，陈愚衷率军2000驻全州(属全罗道)，吴惟忠率军4000驻忠州(属忠清道)，总兵麻贵坐镇王京，明军的到来给朝鲜君臣吃了一颗定心丸，日军忙又退回釜山。
中日朝三方剑拔弩张，沈惟敬也像热锅上的蚂蚁，虽然他并不知道石星下狱的消息，但从朝鲜的紧张形势中也嗅出了一丝危险的味道；但是过了个把月见没什么动静，又转而宽慰自己，不管怎么说，我现在还是大明的游击将军嘛，若是册封一事瞒过最好，就算不济，也可东渡日本，不愁无安身之地！嗯，俗话说，丰年需得望荒年，趁着现在双方都买我的账，最好左右逢源，最后无论谁胜谁负，都有我的好处。
他暗暗想着，居然不怎么担心了，借着游击将军的头衔，从驻朝明军中请拨了200营兵，以谈判为名整日穿梭往来南原和釜山两军营垒，按今天的话说，叫双面间谍。他这番举动虽然巧妙，在朝鲜没人识得破，奈何杨方亨在朝廷里早把他给交待了，不出一个月，京里的锦衣卫来到朝鲜平壤，径直找到明军总督府，将批捕公文在邢玠面前一递，邢玠看过公文冷哼一声：“早知这厮不是好人，去，到王京找麻提督，让他把沈惟敬捉拿归案！”
麻贵在王京接到驻守南原的明军情报，说日本频繁调动，可能有开战的企图，希望派兵增援，麻贵虽然非常重视，苦于主力尚未到达，手中无兵可派，没奈何，只得和柳成龙商量，最后派全罗道兵使李福男带700朝鲜兵去南原，虽然不济，好歹也是数百条汉子，以壮南原明军声势。