在“南學會”的示範、帶動下，湖南各地各種學會如同雨後春筍般冒出來，除了“南學會”的分會，還有輿地學會、算術學會、公法學會、化學會等等。很多年後，史家張朋園在《湖南現代化的早期進展》中評價湖南新政運動：“在政治方面提倡參與，以群策群力來發揮團結一致的力量；在經濟方面，力主開發富源，以提高人民生活，增強社會實力；在社會方面，提倡教育，發展人民知識，主張自由平等，期望人民皆能為國家效力。”
以開民智為宗旨的時務學堂受到光緒帝的關注，他曾夜讀時務學堂章程，並特批以湖南部分鹽稅資助經費。1897年8月28日，第一次招生考試，錄取學生40人，參加過那場考試的章士釗、楊樹達等人回憶，陳寶箴親自“監臨收卷”，陳三立親自“校閱文卷”。當年，黃遵憲向陳寶箴建議請康有為擔任長沙時務學堂總教習，陳三立主張請梁啓超，他說自己讀過梁的文章，“其論說似勝於其師，不如舍康而聘梁”。最後請了梁。在寫給汪康年的信中，陳三立說自己第一次讀到《時務報》，“心氣舒豁，頓為之喜”，認為“必能漸開風氣”，此前他聽說梁啓超“乃曠代奇才，今窺一斑，益為神往矣”。事實證明，梁啓超到時務學堂講學，對湖南影響很深。無論是選學生還是請先生，都顯示了陳三立不尋常的見識。1922年，他和梁啓超在南京重逢，談及蔡鍔，他告訴梁，當年蔡鍔來考時務學堂時只有十四歲，文章不通，已經被排除在錄取名單外，是他看蔡鍔年少特別錄取的，後來果然有大成。這只是其中的一個例子。
在推行新政的過程中，阻力一直存在，1898年春天，左都御史、長沙人徐樹銘在保守派的慫恿下，上疏彈劾陳寶箴、江標、徐仁鑄等，要求責令撤換梁啓超，另外請人主持時務學堂。6月22日，楊深秀上折（康有為代草）請褒揚陳寶箴，當天光緒稱許陳“銳意整頓”。到7月29日，楊深秀再次上折（康有為代草）《請獎陳寶箴折》，同日光緒帝的上諭要求陳“務必堅持定見，實力舉行，慎勿為浮言所動”，實際是督促陳不要有所退縮。
同年6月18日，陳寶箴保薦了“名位未顯，而志行可稱，才識殊眾”的17人，其中包括楊銳、劉光弟、陳寶琛等，劉光弟與他素不相識，楊銳則是張之洞的門生。陳寶箴想不到，正是這次舉薦將為他們父子帶來災難。當戊戌政變的消息傳來，他並沒有意識到自己處境的危險，還致電榮祿，希望能“息黨禍，維元氣”。9月24日，張蔭桓、徐致靖、楊深秀及譚嗣同、楊銳等“軍機四卿”被革職拿辦，28日“戊戌六君子”被殺。接著，張蔭桓被發配新疆。御史黃桂鎏先後兩次上折彈劾遠在湖南的陳寶箴。10月6日上諭下達：“湖南巡撫陳寶箴，以封疆大吏濫保匪人，實屬有負委任，陳寶箴著即行革職永不敘用。伊子吏部主事陳三立，招引奸邪，著一併革職。”同時被革職永不敘用的還有江標、熊希齡。據說這已是榮祿、王文韶在慈禧太后面前苦求的結果，否則他也有發配新疆的可能。