十字軍在他們占領的地區建立起了幾十個十字軍國家，其中耶路撒冷王國最大，比較大的還有安條克公國、特里波利伯國和愛德沙伯國。但是這些十字軍國不斷地受到當地人民的反抗，東方人民在能征善戰的領袖薩拉丁領導下，最後消滅了十字軍主力，收復了耶路撒冷。
為了挽回敗局，德國皇帝、英國和法國的國王又組織了第二次（1147年~1149年）和第三次（1189年~1192年）十字軍東征，但薩拉丁的實力逐漸地強大。他的軍隊給予十字軍以沉重的打擊，先後打敗了這兩次十字軍的東侵。
公元13世紀初組織的第四次十字軍遠征，計劃是乘坐威尼斯船隻去進攻埃及。而在威尼斯商人的慫恿利誘下，十字軍的進攻矛頭指向了東羅馬帝國。這批歐洲騎士，毫不留情地進攻和搶劫了信奉同一個“十字”的國家，早已忘記了收復“聖地”的聖諭，暴露出了他們所謂的征討異教徒不過是侵略的藉口。
1204年4月十字軍攻陷了君士坦丁堡，並且對這座歷史名城進行了長達一個多星期的掠奪，數以萬計的藝術珍品和文化古蹟被破壞。有的十字軍為了掠奪金銀財寶，竟然挖掘墳墓，偷竊其中的隨葬品。
經過第四次十字軍東侵，宗教所鼓吹的“聖戰”實質日益被廣大人民所認清，加上教會中高級僧侶的生活日益腐化，使教會的威信極度下降，人民再不相信宗教所提出來的口號了。加之以前幾次的東征大多以失敗而告終，人民再沒有以前那麼高漲的熱情了。
因此，在1217年至1270年間，西歐的封建主雖又先後組織了四次十字軍東侵，但是由於規模小，影響都不是很大。1291年，十字軍占領的最後一個陸上據點阿克城被穆斯林攻克。至此，十字軍東征告終。
在十字軍東征中，歐洲的騎士、封建領主和教會大發橫財，卻沒有給勞動人民帶來任何好處。許多農民被編入十字軍後，一路上，許多人餓死、病死，還有不少人被抓去賣為奴隸。少數人總算捱到了東方的邊緣，但一碰上土耳其人就被打得七零八落——成千上萬的農民就這樣悲慘地客死他鄉。
而最悲慘的還是“兒童十字軍”。1212年，教皇和封建主宣傳“無罪”兒童更能得到上帝保佑，兒童十字軍可以創造奇蹟的鬼話，哄騙3萬名兒童參了軍。他們大多是農家孩子，年齡不超過12歲。在法國馬賽集合後，被送上木船渡海“東征”，結果，有的船遇風暴，沉入大海；有的船到埃及，船上兒童全被船主賣為奴隸。在德國，也有2萬兒童受騙參軍。他們好容易翻越阿爾卑斯山，就餓死了一大半，剩下幾千人到了義大利，又被拐賣掉不少。“兒童十字軍”坑害了五六萬天真無辜的孩子。
十字軍東侵所帶來的後果是複雜的，它給西歐和東方人民帶來了浩劫。長達兩個世紀的戰爭，使西歐死傷上百萬人，耗資巨大，僅法國支付第7次十字軍東侵花費折合貨幣就達7000萬美元。然而在客觀上，也帶來了發動者料想不到的後果。