這些完全代表了新興資產階級的呼聲。所以當時的市議會對此鼎力支持。
篤信天主教的封建貴族們害怕了，他們想方設法阻止新教的傳播。
茨溫利為了加快推行新教的步伐，動用了武力，結果引起了一場意外的內戰，他自己也在一次戰鬥中不幸陣亡。新教失去了自己的領袖，正處於群龍無首的局面當中。
正在這一緊要關頭，加爾文流亡到了瑞士的巴塞爾。他的到來無疑給新教的勝利帶來了希望之光。也許當時的新教徒們並沒有馬上意識到加爾文將是新教派戰勝天主教的一個至關重要的籌碼，但兩年以後加爾文公開出版了《基督教原理》，對新教的原理作了系統論述，這讓新教徒們便看到了希望的曙光。大街小巷聽到的是一片議論之聲。人們普遍認為《基督教原理》在傳播教義方面甚至要比馬丁·路德的九十五條論綱還透徹。尤其是其中關於人的等級之分，人們潔身自律的要求太對教徒們的胃口了。
1536年，加爾文來到了瑞士宗教改革的中心日內瓦。當時日內瓦的宗教改革運動正進行得如火如荼，然而當地天主教的勢力依然強大，所以當時新舊兩教經常進行辯論。而新教的另一個教派“再洗禮派”力量比較強大，主張也激進得多，不斷組織平民起事，破壞教堂，拆毀修道院，受到日內瓦當局的迫害。加爾文教派也受到了殃及，加爾文不得不再一次惶惶而逃。
時光斗轉星移，政局變幻無常。宗教改革的主張畢竟屬於進步的呼聲，歷史的大潮洶湧而來，無人可擋。宗教改革派在日內瓦終於掌握大權，立穩了腳跟。這時他們迫切需要一個像加爾文那樣能領導群眾的人物。於是日內瓦市政當局於1541年向流落在外的加爾文發出了正式邀請。
多年飄泊不定顛沛流離的生活，沒有使加爾文放棄自己的理論主張，他要進行更大規模宗教改革的信心日益堅定。一接到日內瓦當局的邀請函，加爾文便踏上了重回日內瓦的歸程。一路上，他在心中盤算了不下千次的是怎樣進一步把宗教改革推向深入？經過深思熟慮之後，一個宏偉的改革計劃在他的心中逐漸完善、清晰起來了。
回到日內瓦之後，加爾文開始了改革。他說教會是“上帝遴選出來的人”的組織，不需服從羅馬教皇，也不隸屬地方諸侯。教會中只有牧師、教師、長老和執事這四種教職，他們都由信徒選舉產生。其中長老的作用最大，一般由最富裕的市民擔任。各組織單位由長老和牧師管理，實行宗教和政治合一，共同結成聯盟，由定期召開的最高宗教會議領導。
這樣，日內瓦實際上成為一個政教合一的神權共和國。每個公民都同時受到國家法律和宗教教規的約束。加爾文的宗教改革主張終於成為現實。而加爾文成了日內瓦城高高在上的主宰。日內瓦被稱為新教的羅馬，而加爾文自然順理成章地成了“日內瓦的教皇”。