一朝權在手，眼中的世界都改變了顏色。加爾文開始變了。他變得自私、殘暴、唯我獨尊。新教中的其他派別統統被他指斥為“異端”，其境況不比天主教好多少。想當年略占上風的“再洗禮派”此時成了加爾文的眼中釘，不知出於一種什麼樣的陰暗心理，他下令將這一派的信徒全部驅逐出境，否則格殺勿論。
1553年，發現血液循環的西班牙科學家凱爾·塞爾維特來到日內瓦。也許他已忘記了自己當年曾批評過加爾文的教義，但是加爾文沒有忘記。加爾文藉口塞爾維特是“再洗禮派”的支持者，將他處以極刑。此外在加爾文當政期間，還有幾個人因有耍巫術的嫌疑而被處以火刑。
加爾文對世界歷史產生了很大的影響。他的神學學說最終贏得的信徒甚至比馬丁·路德還多，尤其是在資本主義經濟比較發達的國家，加爾文教得到了廣泛的傳播。
勇敢的閔採爾
德國的國旗是黑、紅、黃的三色旗。在歷史上，黑、紅、黃是德意志民族統一的象徵。這一國旗不是後來制訂的，而是在16世紀就出現了。在閔採爾領導的德國農民起義中，就有人高舉著這三色旗進行戰鬥。
閔採爾出身農民家庭，在他很小的時候，父親就被當地伯爵處死了，這使他對貴族統治階級有著深仇大恨。在學校讀書時，他就曾組織秘密團體，反對天主教會。他積極傳播自己的思想，信徒遍布許多城鎮。
1524年，封建主和教會對農民的奴役更為殘暴，農民無法忍受非人的勞役。當時，閔採爾已在茨維考城作了一名神父。他對農民的疾苦有著切膚之感，也能感受到農民胸中翻卷著的怒潮，他冒著被殺頭的危險，到處宣傳自己的革命主張，公開提出：整個世界必須來一個大震盪，一切政權都應交給普通人民，沒有壓迫、剝削的天堂不是在天上，而是在人間，建立天堂的辦法只有一種，即拿起武器推翻一切不正義的事物和殘暴的統治者，而不是消極地等待和向上帝乞求。
在他的領導下，士瓦本南部的農民拒絕了貴族們的勞役，集結在一起，發動了大規模的起義。起義隊伍迅速擴展到3000多人，他們衝進封建主的莊園，占領和搗毀寺院與城堡，強迫封建主交出糧食和土地。他們以推翻封建制度為口號，提出了自己的綱領——《書簡》。
《書簡》對城鄉貧苦的群眾遭受僧俗領主和政府的壓迫進行了強烈的控訴，並強烈譴責了貴族、僧侶的特權地位，號召用人民的力量，清除封建領主，建立公正的秩序。這個綱領的基本思想是打倒現存的統治階級，並由普通人掌握政權。
士瓦本貴族們對農民的起義極為恐慌，他們假意與農民談判，暗地裡卻調集軍隊，鎮壓起義軍。閔採爾知道上當後，立即拒絕了談判，指揮起義軍攻占城市，搶奪敵人的武器，殺富濟貧。周邊的農民及農奴聞訊紛紛來投，不久起義軍席捲士瓦本地區，人數猛增至4萬人。