那时候，日本正处群雄割据时节，岛国上拥有大量土地资源与子民的封建领主，唤作大名（相当诸候王）。这些大名拥兵自立，互争雄长，彼此打得不可开交，持续上百年的时间，争战不绝。
有争战就必有消耗，战争带来巨大的破坏也需要资源重建。日本中央幕府虽然不能阻止这些大名互相火拼，却能掌管部分军事物资与民生用品的分配特权，尤其是从中土远道而来的火药、丝棉、药材、瓷器等等日本本土稀缺而生活又必需的日常用品。那些大名一般很难从幕府将军那儿得到这些来之不易数量不多的中土货物，谁能取得幕府将军的资助，谁就能在战国诸雄争霸中立于不败之地。幕府将军通过官方外交使节及商团与周边国家进行正当贸易，名正言顺取得这些货物，除去幕府本部需求之外，若有多余的货品便以高价卖给那些大名们，从中渔利。
自从明王朝罢却市舶司，断绝与日本、西洋诸国贸易往来之后，幕府再也无法从正常渠道获得这些中土货物了。幕府自顾不暇，当然没有什么东西分配给那些大名们。各路大名若想获得中土货物充实仓库，只能靠自己变通设法了。他们惟有干起走私贸易的勾当，偷偷摸摸雇人到中土边境黑市去交易。这些大名的商团初至中土的时候，也做一些公平买卖。后来发现劫杀抢掠更为合算，就伺机变为强盗，使大明沿海边民对这伙亦商亦盗的商团感到大为恐怖。
由是，大明海滨便活动着无数由各种因素、人种组成的海盗商团。这些亦商亦盗的商团，若遇上比自己强的商队便做点公平买卖；遇上比自己弱的商队时便由手里的刀剑说了算。干这样无法无天的营生，除了应付大明官府卫所、地方番捕差役抓捕之外，还要经受沿海一些地主豪强的欺压诱骗，排挤打击………为了应付各种不可预测的变数，每个日本商团出海前夕都需要动员一大批保镖保驾护航，那些失去土地、没有户籍的浪人剑客纷纷加入，浩浩荡荡地来到大明海滨，大肆抢掠破坏，并与中土境内的海盗、奸商、流氓无赖勾结起来，共同抢劫分赃。这些商团小则十几人一伙，多则几千，甚至几万人以上。在大明沿海诸省掠夺商船，掳人为奴，强占土地，无恶不作。大明军民把这伙奸ｙíｎ掳掠，四德俱全的坏蛋唤作倭寇。所谓倭人为寇，是为倭寇。
明代的日本倭寇绝大多数来自日本九州，又以萨摩（今日本鹿儿岛县）、肥后（今日本熊本县）、平户（今日本长崎县）居多。日本史学家也认为，这三个地方是倭寇的发源地。平户地处九州的西北部，与亚洲大陆距离最近，长崎港距上海860公里，对马岛距韩国釜山仅有53公里！得天独厚的地理条件，使平户几个世纪以来一直成为日本和世界交流、贸易的门户，同时兼海盗码头。日本战国时期，平户的大名松浦氏据此风水宝地，豢养本国海盗，也不排斥外来者。平户是恶名远扬的“海贼八幡船”大本营，“八幡船”是因海盗悬挂的旗帜得名。除了平户和萨摩之外，北九州的肥后也是以民风剽悍好战出名。丰臣秀吉侵朝战争中，第二军主将加藤清正率领的肥后兵团，就是以能打硬仗和屠杀平民令朝鲜兵闻风丧胆。